如果提到在日本众多的咒术之中最正式的咒法的话，那么密教修法是占据中心地位的。密教是受印度的传统宗教印度教影响，正值大乘佛教创立史上的末期于西历七世纪后半叶在印度出现的佛教的一个流派，在佛教的教义中，被作为最高深莫测的学说。是通过中国由真言密宗的开山祖师空海和天台宗的最澄、圆仁、圆珍等人移植到日本的巨大宗教（Ps.“通过中国”是指以上的人都曾于唐代到中国学习过，其中空海、最澄于桓武天皇延历廿三年（唐德宗贞元二十年，公元804年），作为学问僧入唐，圆仁于838年以请益僧身份入唐，圆珍于853年乘唐朝商人铁良晖的船只入唐。请益，即学人请师示诲之意。出自《礼记》：“请业则起，请益则起。”）。虽然其思想是通过身、口、意三种方式与佛交流，然后在其加护下达到即身成佛的目的，然而也伴随着对于实现各种各样的愿望的现世利益的重要性的强调，集成并继承以其为目的的系统的加持、祈祷的诸术。密教在日本被分成真言密教和天台密教两个系统，密教思想的影响在各宗教中或明或暗都有所波及。

作为基础的祈祷的修法遵照仪轨来修行供养，召请诸尊之法。所谓诸尊是指被作为守护佛教的善神的神明，其前身包括鬼类和外道神的欢喜天（圣天）、荼吉尼天、大黑天、诃梨帝母（鬼子母神）等等的诸天，或是展现忿怒之相降服诸魔的不动、金刚夜叉、降三世、大威德、军荼利、爱染等等明王，以及作为大日如来的化身的释迦、药师、弥勒、阿弥陀等的如来，又或者是三宝荒神或摩多罗神等的垂迹神（Ps.即指把原有的神看做是佛、菩萨的垂迹、化身）。将他们作为本尊的同时，在手上结各个固有的象征着本尊的印契，在口中诵唱着真言（陀罗尼），在心中凝结着精神的话，各个本尊的三密（身密，口密，意密）与行者（祈祷者）的三密将会互相感应，这被叫做三力加持。根据这个原理，祈愿能够被迅速的成就。也就是说能够实现愿望。

这是密教祈祷法、咒法的根本。对于祈祷修法，大体上有下面四种法。即是
①以健康的生活，免除疾病、灾难或灾害为目的的息灾法
②以从财政和精神两方面得到满足，得到幸福安乐生活为目的的增益法
③以被人爱，和合为目的的敬爱法
④以排除给予自身危害或威胁自身基本生活的人或者在自己或他人中诞生的恶魔之心为目的的调伏（降伏）法。

将这些细分的话，能被分类为
①物欲所望之法
②除灾与乐之法
③灭罪成佛之法
④息灾（以佛力消灭灾害或障碍）延命长寿之法
⑤生产向上之法
⑥请雨·天候自在之法
⑦咒诅（向诸尊祈愿诅咒所怨恨之人）之法等等。

①物欲所望之法以圣天（欢喜天）法、吉祥天法、摩利支天法、大黑天法、毗沙门天法、大自在天法等诸天法为主，另有佛眼佛母法、千手观音法、六字文殊法、弥勒法、求闻持法、地藏法、不动法、降三世法、军荼利法、大威德法、北斗（妙见）法等等。

②除灾与乐之法包括药师法、释迦法、圣观音法、千手观音法、十一面观音法、白衣观音法、五字文殊法、般若法、不动法、降三世法、军荼利法、北斗法、水天法、摩利支天法、大黑天法、毗沙门天法、地藏法等等。祈祷疾病平愈的有药师法、大般若经跳读之际之释迦法、仁王法时的般若法等等很多。

③灭罪成佛之法包括阿弥陀法、阿閦法、释迦法、如意轮法、虚空藏法、地藏法、普贤法等等，还有作为忌日法事之际的灭罪之法的十三佛（头七开始到三十三回忌的十三次的追善供养的佛事中分配的佛菩萨（Ps.三十三回忌是指日本民俗中于人死后第三十三年举行的佛事））的各法、以及人类以外的以供养动物为目的的马头观音法等等。

④在息灾延命长寿之法中，比较知名的有北斗法、佛眼法、药师法、寿命经法、准提法、虚空藏法、地藏法、普贤法、阎魔法等等。
⑤生产向上之法有一字文殊法、一字金轮法、千手观音法、金刚童子法、药师法、诃梨帝母法等等很多。

⑥请雨·天候自在之法有北斗法、守护经法、孔雀经法、后七 .日御修法、水天法、爱染法等等。
⑦咒 .诅之法有大元帅法、六字经法、六字文殊法、降三世法、军荼利法、大威德法、转法lun法等等。

在这之中，特别的是咒诅之法包含咒杀、调伏并降伏敌人的特别修法，在现在除了万不得已的场合否则不会使用。在历史上的元寇时期，筑前的观音寺为了调伏蒙古而进行了五大尊供（不动、降三世、军荼利、大威德、金刚夜叉这五明王作为本尊的五坛之法）的修法这件事非常有名。后来太平洋战争时期也有为了调伏「鬼畜美英」（Ps.残暴美英），以真言宗所属的东京布教师会（Ps.即是为研究教理教义以及相互学习的布教组织）为中心东京区汤岛的灵云寺作为舞台修行太元帅明王法这样的事实。

总而言之，密教修法中最重要的修法是护摩法。所谓护摩是古代印度对于燃烧东西的词汇homa的音写。炉内生火，然后在其中放入各种各样的香料或供物燃烧以供养神佛的意思。可以毫不夸张的说密教的咒法中护摩法是不可或缺的。

在护摩的修法中，一般会召请如来、菩萨、明王等的诸尊，通常如来对应息灾，菩萨对应敬爱，明王对应降伏、调伏之用。话虽如此例外也有不少。比如归属于如来部中的一字金轮（最强最秘之佛）也作为调伏法被修持。在明王祈祷的效果不是非常显著的情况下召请一字金轮等强力的如来进行加持。这样的话就可以相信能使必定的调伏变为可能。

护摩的火中添加了护摩木和各种供物。供物的内容随经轨的不同而各异，日本密教基本有芥子、丸香、散香、涂香、药种（枸杞）、切花（香花）（Ps.除去枝茎的花）六种。另外在护摩中所燃的护摩木也根据仪轨的不同区别开来，例如增益法中使用果木的中枝，敬爱法中使用花木，息灾法中使用果木最上端的枝，降伏法使用苦木的树根。在日本密教中也多使用与众不同的树木，如增益、息灾、敬爱法中的松、杉、桧等，降伏法中的盐肤木等。无论如何，在增益法和息灾法中都会选用枝节笔直并且没有过分乾燥的优质树木，绝对不会选用枝节弯曲，被虫蛀或腐朽的劣质树木。然而，在调伏法和降伏法中使用劣质树木是其特征。

修法的方法对应各种利益的种类，原则上按照以下的方法实行。
修法种类 行者的坐向 行者的衣着 　 护摩炉的形状 　炉中印契
息灾法 　 北方 　白 　 圆形 　　　 轮宝印
增益法·延命法 东方 　 黄 　　 方形 　　　三股杵印
调伏法·降伏法 南方 赤·黑 三角形 独股杵印
敬爱法 西方 赤 方形 　　　八叶莲华印