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甲藻类形成的“荧光海滩”景色虽具有观赏价值，但它背后所隐藏的信息值得人们提高警惕。这是由于以夜光虫为代表的甲藻类大量繁殖，以至于出现很强的荧光现象，表明这一地区海水内诸如磷、钾、铁等营养因子含量上升，使得甲藻作为食物的细菌、蓝细菌和单细胞藻类数量增加。这是海水富营养化的先兆之一。如果进一步发展，有可能造成甲藻的爆发性增长，从而形成赤潮。甲藻类是我国近海赤潮最主要的藻类组成。其大量的繁殖、死亡和分解，会大量消耗水体中的氧气，造成其他海洋生物窒息死亡，严重威胁海水养殖产业。同时，甲藻等在生长过程中会合成多种毒素如短裸甲藻毒素(BTX)等，这些毒素可通过富集作用累积在贝类等海产体内，造成食品安全风险增加。
