天才（变态）科学家鲁维克发明了一种脑波连接装置，能把很多人的意识拉到核心所创造的世界里，就像真实幻境一样；
一个叫莫比乌斯的组织知道这个情报后想把这个科研成果据为己有，假意和鲁维克合作并开始用人体试验这项技术；
但是普通人的意识承受不了太过复杂的意识干扰无法成为核心，而有资格当核心的2个人：鲁维克（变态）、莱斯利（精神病）并不能让莫比乌斯接受，因此产生用心灵纯洁的小孩子作为核心的想法，便随机绑架了个女童备用，并把女童的家一把火烧掉造成火灾身亡的假象，而这个女童就是主角塞巴斯丁的女儿。
塞巴斯丁认为女儿已死，但他的妻子麦拉觉得事有蹊跷，于是暗中调查女儿失踪的真相，在查到莫比乌斯后把得到的证据交给塞巴斯丁，可塞巴斯丁固执的认为妻子收到丧女打击得了妄想症，并不相信麦拉，最后麦拉只能撇开塞巴斯丁独自潜入莫比乌斯。
然后就是一代剧情，GM鲁维克在STEM机器里搞事，弄死灯塔精神病院一大群医生护士病人，莫比乌斯把塞巴斯丁等人拉进STEM的世界，最后“病毒”塞巴斯丁成功怼翻了GM鲁维克，莫比乌斯也趁机回收了STEM机器。
一代事件后塞巴斯丁将灯塔病院的情况汇报给警局，当然局长早就被莫比乌斯收买，压下报告并让塞巴斯丁去接受心理治疗，疗着疗着工作就没了，老婆也失踪了，女儿也“死了”，然后就是二代剧情。
莫比乌斯得到STEM后把塞巴斯丁的女儿莉莉作为核心重新创造了一个幻象世界—合乐镇，而麦拉在莫比乌斯策反了女主基德曼，拉拢高层西奥多（黑人牧师），并雇佣了托雷斯，计划自己代替女儿成为核心，在救出女儿后利用STEM核心跟基德曼里应外合过载莫比乌斯所有人员脑内的芯片团灭这个组织。
但出乎意料，西奥多背叛了麦拉，打算控制莉莉以便掌控合乐镇。于是麦拉强行将自己弄成STEM世界核心，跟西奥多在虚拟世界大打出手，GM跟***的战争引起合乐镇的混乱，大部分普通镇民收到影响变成了恶灵。西奥多因为应付麦拉腾不出手去抓莉莉，就忽悠了一个变态的艺术家当手下去抓人，那个艺术家就是冠希哥。
然后就是二代剧情，莫比乌斯派了救援小组去STEM里调查，结果一个都回不来，只能叫基德曼把曾经怼翻过撸总的“超级病毒”塞巴斯丁绑来，以他的女儿做威胁让他进入STEM里收拾残局。
结局嘛，塞巴斯丁成功怼死了冠希哥，麦拉也搞定了西奥多，基德曼叛变和塞巴斯丁夫妇弄死了莫比乌斯所有人。

楼上玩的不够仔细，一代的开头结尾，二代的开头结尾都是在stem里进行的，两作流程均是在stem中的stem进行的，所以大部分不成立

1楼基本上讲完了，只是1代的剧情是男主打败了鲁维克，但是鲁维克没有死，他占据了莱斯利的身体逃出了stem系统来到现实世界，可能会在2代dlc或3代再次出现...