
1921年2月中旬,孫中山召集廣東的國會議員召開非常會議,推選孫中山為非常大總統。陳炯明等人以選總統無異於自樹目標,廣東目前無力抵抗北方進攻為由反對,但最終未能阻止。
1921年6月13日,桂軍沈鴻英部出兵攻入廣東。孫中山以陳炯明為粵軍總司令,迎戰桂軍。第二次粵桂戰爭開始。
7月初,粵軍收復被桂軍占領之粵西地區嘅連縣,連山等地,並攻入廣西,佔領梧州。
7月16日,陸榮廷通電下野,前往龍州。8月5日,粵軍冇遭遇任何抵抗而進占南寧,隨後粵軍在南寧進行屠城。
10月,粵軍佔領龍州,陸榮廷取道越南,轉往上海流亡。
此戰雖大敗桂系且一度反攻廣西,但死傷人員約有全軍五分之一,士氣大受打擊。陳炯明主張實行「聯省自治」(民選議員和地方長官等);這與孫中山的北伐、武力統一的主張有所衝突。8月初,陳炯明進入南寧後,原打算協助馬君武籌劃仿照廣東省的「地方自治」計劃,包括恢復省議會,籌設仿照廣州的市政府。但孫再下令陳炯明北伐,激化其與陳的矛盾。