化肥对农业生产有着重要的意义，但长期施用大量的化肥，造成了严重的土壤问题、环境污染以及严重降低了作物的品质和产量。
土壤恶化严重
化肥中大量的营养成分被固定在了农田中，变成了难溶性不可吸收的状态，久而久之就造成了土壤盐分以及重金属的累积，从而造成土壤养分结构失衡，有害菌增多。
作物品质、产量下降
大量营养被固定在土壤中，使作物得不到充分的吸收利用，导致作物养分供应不足，影响作物的生长发育，从而影响作物品质。
环境污染
大量的化肥留在农田中，等到下雨或者灌溉时就会随着水流流失或者被淋溶到地下水、河流湖泊中，造成水污染。
由于施用化肥的弊端越来越明显，近两年农业部门一直在提倡化肥减量，化肥减量后必定要增施其他肥料，而微生物肥料由于其多重的功效和安全环保的性能，越来越受欢迎。
改善土壤养分
微生物肥料中的有益菌的分泌物可以促进土壤固定养分的分解与转化，改善土壤肥力，提高土壤供肥能力，促进作物对营养的吸收。
改善土壤环境
有益菌可以分泌胞外多糖等物质，对土壤团粒结构可以起到增强的作用，较好的团粒结构还可以提高土壤保水白保肥的能力以及土壤的透气性。
提高化肥利用率
有效菌可以提高分解土壤中的有机质为自身的生命活动提供能量，而有机质分解产生的腐殖酸则可以和土壤中的氮元素反应生成腐殖酸按，减少氮肥的损失；另外还能够将无效态的磷、钾元素转化为速效元素供作物吸收利用。
增强作物抗逆性
有效菌可以分泌多种抑菌物质，可以有效抑制或杀死致病菌，从而显著减少土传病害的发生；另外在根系还可以形成良好的微生物系统，促进根系、茎叶健壮生长，增强抵抗力。
改善作物品质
通过有益菌的作用，可以增加作物体内的营养成分，对于作物的口感、外形等有着显著的改善，具有较高的经济价值。
提高作物产量
有效菌可以分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等多种活性物质，这些物质可以刺激、调节作物的生长发育，能够在一定程度上起到增产的作用。