微生物肥料在农业生产的使用中体现出了多种功效、作用，但是在施用时可以和有机肥配合施用，这样可以进一步的使其发挥作用。
有机肥的作用
有机肥中含有多种营养元素与有机质，这些物质可以直接参与植物的新陈代谢；使土壤中难溶性养分转化成可溶性养分，提高营养元素有效性和肥料利用率；
促进土壤团粒结构的形成，改善土壤条件；提高作物抗性，增强植物抗病虫能力；为土壤微生物提供充足营养，增加有益菌的数量。
微生物肥料配施有机肥的好处
微生物肥料主要是通过其中含有的大量有益菌的生命活动来起作用的，而有机肥中的有机质可以为菌提供适合生存、繁殖的环境，以及提供了充足的养分以及能量，加强菌的生命活动。
通过菌的一系列活动也可以加速有机肥的腐殖过程，促使其转化分解，更好的发挥功效；并且菌的活动还可以刺激土壤的活性。
通过两者混用，可以向土壤中提供更多的有机质以及有益微生物，促使两者的功效能够更好的发挥。
可以增加土壤有益菌的数量，活化改良土壤，提高土壤透水、透气性能，增加土壤养分的利用率；促进土壤团粒结构的形成，增加土壤生物活性。
可以提高肥料的利用率，增强速效养分的释放，有利于作物根系的生长，提高植物的抗逆性。
微生物肥料不仅可以起到改良土壤的作用，在作物病虫害的防治、高产提高品质、改善生态环境等多个方面都有着较为突出的作用。