子午流注出自内经，经云“脏主冬，冬刺井；色主春，春刺荥；时主夏，夏刺；音主长夏，长夏刺经；味主秋，秋刺合。是谓五变，以主五。曰∶诸原安合，以致五？曰∶原独不应五时，以经合之，以应其数，故六六三十六”此段文字就是论述流注五输穴的，脏腑各有井荣俞经合，六阳腑外加原穴为六，故而云六六三十六，不少后世医者俱认为流注法出自元代，素难不载，实乃井蛙之见。
《素问·方盛衰论》里的一句话“奇恒之势乃六十首”。其上文云：“是以圣人持诊之道,先后阴阳而持之”, 下文则有“追阴阳之变,章五中之情”等语。所谓“五中”即《素问》“春应中规,夏应中矩,秋应中衡,冬应中权”，其中还有一个中五未明言，合之即五中，即五行。因此“追阴阳之变,章五中之情”就是推算阴阳五行。阴阳指三阴三阳，即十二地支，五行即天干五行，因此干支相合成六十甲子即成“奇恒之势”，“乃六十首”。但是由于“六十首”一词在《黄帝内经》中仅此一见,所以唐代王冰作出了“奇恒之势乃六十首，今世不传”的论断，故而后人皆不知何意。直到《子午流注针经》中贾氏云∶阳日气先脉外，血后脉内；阴日血先脉外，气后脉内。交贯而行于五脏五腑之中，各注井荥俞经合五穴，共五十穴。惟三焦受十经血气，次传包络，又各注五穴，通前十二经，共六十穴，才合得十六难内六十首也。越人言∶三部九候，各有头首也。及《素问》言六十首，今世不传。既言不传，其文不载六十首字也，故圣人留此六十首法，令后人穿凿也。”“或曰：因何名曰六十首也？答曰：谓气血一昼夜过六十俞穴也，各分头首，十日一终，运行十干，皆以五行元建日时为头是也”因此内经奇恒之势六十首其实它就是干支六十甲子配六十穴的子午流注法，只是历代秘传不宣，厞人不传，致使其内涵原理几乎无人知悉，直到《子午流注针经》的出现才露出春光。
但是当今流传的《子午流注针经》本都缺少《针刺定时图》及《十二经穴内行注**》二图，此二图当时至少在明代也有不少针家的见过。在明高武所著《针灸聚英》中云“上子午流注开阖时．原有方圆二图．今直录之．以便记诵．旧方图以甲己为九．乙庚为八．巳亥为四．圆图无此．而缺三焦包络．大抵书之有图．所以彰明其理耳．今反晦之．是以不录．窦氏井荥俞经合应日开阖．有图有说．今人泥其图而不详其说．妄言今日某日．某时其穴开．凡百病皆针灸此开穴．明日某日．某时其穴开．凡百病针灸明日开穴．误人多矣．今去其图．直录其说．使人知某病宜针灸某经某穴．当用某日某时开方针．如东垣治前阴臊臭．刺肝经行间．用乙丑时矣．又刺少冲．则宜丁未日矣．岂东垣治一病而有首尾越四十三日刺两穴哉．此又不通之论也．大抵医自素、难之下．皆为旁曲径．非周行也”。可见即便在当时二图尚存情况下，身为针灸名医的高武还是看不懂，竟然自作主张删去二图，此二图的缺少给后人理解子午流注带来障碍，现在下面我来根据古人经文的只言片语复原方圆二图。
圆图
方图
大家对照上表看《扁鹊玉龙神应针经》的话“自子至巳，六阳化合；自午至亥，六阴变化。惟壬得一（壬子），癸二从之（癸丑），为阴阳动静之枢纽，气数欲兆之时。故气运一周，一会于壬癸（三焦心包），交接挥持，莫为其纪。故子午流注真诀，甲始于戌而癸亥为终。壬子、癸丑为终始之地。”贾氏云∶阳日气先脉外，血后脉内；阴日血先脉外，气后脉内。交贯而行于五脏五腑之中，各注井荥俞经合五穴，共五十穴。惟三焦受十经血气，次传包络，又各注五穴，通前十二经，共六十穴，才合得十六难内六十首也。越人言∶三部九候，各有头首也。及《素问》言六十首，今世不传。既言不传，其文不载六十首字也，故圣人留此六十首法，令后人穿凿也。”此六十头首者以井为头，继以荣俞经合共成50头也。另有十首，乃十二经脉之头三焦心包也。三焦心包也有井荣俞经合各五个穴位，共计十穴，当知古人没有一个字是杜撰！
自金代阎明广著《子午流注针经》（1153年）系统阐述子午流注针法以来，历代不少医家对子午流法针法提出了质疑。种种质疑皆因为不明子午流注真意，不知其推演模型，误认为日干纳甲为一法，一个时辰只有一穴，养子时刻为另一法，一个时辰有五穴。其实看懂博文《针灸探秘1-子午流注定时开穴术数原理》，即知纳甲法实乃推演方法，而养子时刻才是真正用法。
那么到底子午流注一个时辰可以取多少穴？《子午流注针经》“或曰：因何名曰六十首也？答曰：谓气血一昼夜过六十俞穴也，各分头首，十日一终，运行十干，皆以五行元建日时为头是也”，可见早已言明一日取六十穴，即一时辰可取五穴。
针灸大家窦汉卿著《标幽赋》亦云“一日取六十六穴之法，方见幽微，一时取一十二经之原，始知要妙。”
六十六穴者，即子午流注井荥俞原经合也。阳于注腑，三十六穴，阴于注脏，三十穴，共成六十六穴，具载五卷子午流注图中。此言经络一日一周于身，历行十二经穴，当此之时，酌取流注之中一穴用之，以见幽微之理。
十二经原，俱注上文。此言一时之中，当审此日是何经所主，当此之时，该取本日此经之原穴而刺之，则流注之法，玄妙始可知矣。
此法以时干为主,每一时辰相生养子五度,各注井荣俞经合五穴,每穴约占1.666刻（100刻/60穴）,合二十四分钟开一穴,每日十二时辰开六十穴合为百刻。
养子时刻注穴法的开穴规律,是先开与本时辰之时干相应经脉的井穴,然后依照“阳时开阳经穴”、“阴时开阴经穴,及“经生经”“穴生穴一”的原则,开本时辰其它四穴。每时辰相生五经流注五穴。
例如:诸日六甲时即(包括甲子、甲寅、甲辰、甲午、甲申、甲戌)，则依照上表查得甲栏，依次开五穴。比如甲子时，开五穴，甲寅时也开此五穴。但是需要注意，甲戌时乃气入三焦时，此时要开三焦五穴。
同理，诸日六己时即（己丑、己卯、己已、己未、己酉、己亥），则依照上表查得己栏，依次开五穴。比如己丑时，开五穴，己巳时也开此五穴。但是需要注意，己卯时乃血入心包时，此时要开心包五穴。
那么，是否甲时只能开阳穴？那如果此时是五脏之疾就没治了吗？己时只能开阴穴？那此时六腑之疾就没治了吗？
不是的，《扁鹊神应针灸玉龙经》云“一日刺六十六穴之法，用甲、丙、戊、庚、壬五穴，每时相配乙、丁、己、辛、癸。一时十穴”。甲与己合，乃夫妇，故而对于一日来讲，六甲时开阳穴还能开六己时阴穴，六己时也能开六甲时阳穴，可知一时可有十穴可开，包含五脏六腑，何来后人“无穴可开”之说？何来“拘于阴阳”“机械死板”之说？
《针经指南》夫妇配合刺法云“大言阴与阳，小言夫与妇，阴日阴时则当刺阴干，阳日阳时则当刺阳干，故阴阳者气血也。阴日血先气后，阳日气先血后。经云∶荣行脉中，卫行脉外。故阴日虽遇阳时（如乙日甲时当刺甲之五阳穴），刺阴干（己之五阴穴）者何也？盖阴日血先行引气，后随血入脉中而行，此为妇有气，夫往从之者(己合甲也)，故（刺己）阴干（五穴）是也。故阳日虽遇阴时（如甲日乙时当刺乙之五阴穴），刺阳干（庚之五阳穴）者何也？盖阳日气先行引血，后随气流注在脉外而行，此为夫有气，妇往从之者（庚合乙也），故（刺庚）阳干（五穴）是也，如斯之论，此之谓也。”故而《扁鹊神应针灸玉龙经》时日配合穴法云“阳日阳时（可）针阴穴，阴日阴时（可）针阳穴；阳日阴时（可）针阳穴，阴日阳时（可）针阴穴”。
《素问·方盛衰论》里的一句话“奇恒之势乃六十首”。其上文云：“是以圣人持诊之道,先后阴阳而持之”, 下文则有“追阴阳之变,章五中之情”等语。所谓“五中”即《素问》“春应中规,夏应中矩,秋应中衡,冬应中权”，其中还有一个中五未明言，合之即五中，即五行。因此“追阴阳之变,章五中之情”就是推算阴阳五行。阴阳指三阴三阳，即十二地支，五行即天干五行，因此干支相合成六十甲子即成“奇恒之势”，“乃六十首”。但是由于“六十首”一词在《黄帝内经》中仅此一见,所以唐代王冰作出了“奇恒之势乃六十首，今世不传”的论断，故而后人皆不知何意。直到《子午流注针经》中贾氏云∶阳日气先脉外，血后脉内；阴日血先脉外，气后脉内。交贯而行于五脏五腑之中，各注井荥俞经合五穴，共五十穴。惟三焦受十经血气，次传包络，又各注五穴，通前十二经，共六十穴，才合得十六难内六十首也。越人言∶三部九候，各有头首也。及《素问》言六十首，今世不传。既言不传，其文不载六十首字也，故圣人留此六十首法，令后人穿凿也。”“或曰：因何名曰六十首也？答曰：谓气血一昼夜过六十俞穴也，各分头首，十日一终，运行十干，皆以五行元建日时为头是也”因此内经奇恒之势六十首其实它就是干支六十甲子配六十穴的子午流注法，只是历代秘传不宣，厞人不传，致使其内涵原理几乎无人知悉，直到《子午流注针经》的出现才露出春光。
但是当今流传的《子午流注针经》本都缺少《针刺定时图》及《十二经穴内行注**》二图，此二图当时至少在明代也有不少针家的见过。在明高武所著《针灸聚英》中云“上子午流注开阖时．原有方圆二图．今直录之．以便记诵．旧方图以甲己为九．乙庚为八．巳亥为四．圆图无此．而缺三焦包络．大抵书之有图．所以彰明其理耳．今反晦之．是以不录．窦氏井荥俞经合应日开阖．有图有说．今人泥其图而不详其说．妄言今日某日．某时其穴开．凡百病皆针灸此开穴．明日某日．某时其穴开．凡百病针灸明日开穴．误人多矣．今去其图．直录其说．使人知某病宜针灸某经某穴．当用某日某时开方针．如东垣治前阴臊臭．刺肝经行间．用乙丑时矣．又刺少冲．则宜丁未日矣．岂东垣治一病而有首尾越四十三日刺两穴哉．此又不通之论也．大抵医自素、难之下．皆为旁曲径．非周行也”。可见即便在当时二图尚存情况下，身为针灸名医的高武还是看不懂，竟然自作主张删去二图，此二图的缺少给后人理解子午流注带来障碍，现在下面我来根据古人经文的只言片语复原方圆二图。
圆图
方图
大家对照上表看《扁鹊玉龙神应针经》的话“自子至巳，六阳化合；自午至亥，六阴变化。惟壬得一（壬子），癸二从之（癸丑），为阴阳动静之枢纽，气数欲兆之时。故气运一周，一会于壬癸（三焦心包），交接挥持，莫为其纪。故子午流注真诀，甲始于戌而癸亥为终。壬子、癸丑为终始之地。”贾氏云∶阳日气先脉外，血后脉内；阴日血先脉外，气后脉内。交贯而行于五脏五腑之中，各注井荥俞经合五穴，共五十穴。惟三焦受十经血气，次传包络，又各注五穴，通前十二经，共六十穴，才合得十六难内六十首也。越人言∶三部九候，各有头首也。及《素问》言六十首，今世不传。既言不传，其文不载六十首字也，故圣人留此六十首法，令后人穿凿也。”此六十头首者以井为头，继以荣俞经合共成50头也。另有十首，乃十二经脉之头三焦心包也。三焦心包也有井荣俞经合各五个穴位，共计十穴，当知古人没有一个字是杜撰！
自金代阎明广著《子午流注针经》（1153年）系统阐述子午流注针法以来，历代不少医家对子午流法针法提出了质疑。种种质疑皆因为不明子午流注真意，不知其推演模型，误认为日干纳甲为一法，一个时辰只有一穴，养子时刻为另一法，一个时辰有五穴。其实看懂博文《针灸探秘1-子午流注定时开穴术数原理》，即知纳甲法实乃推演方法，而养子时刻才是真正用法。
那么到底子午流注一个时辰可以取多少穴？《子午流注针经》“或曰：因何名曰六十首也？答曰：谓气血一昼夜过六十俞穴也，各分头首，十日一终，运行十干，皆以五行元建日时为头是也”，可见早已言明一日取六十穴，即一时辰可取五穴。
针灸大家窦汉卿著《标幽赋》亦云“一日取六十六穴之法，方见幽微，一时取一十二经之原，始知要妙。”
六十六穴者，即子午流注井荥俞原经合也。阳于注腑，三十六穴，阴于注脏，三十穴，共成六十六穴，具载五卷子午流注图中。此言经络一日一周于身，历行十二经穴，当此之时，酌取流注之中一穴用之，以见幽微之理。
十二经原，俱注上文。此言一时之中，当审此日是何经所主，当此之时，该取本日此经之原穴而刺之，则流注之法，玄妙始可知矣。
此法以时干为主,每一时辰相生养子五度,各注井荣俞经合五穴,每穴约占1.666刻（100刻/60穴）,合二十四分钟开一穴,每日十二时辰开六十穴合为百刻。
养子时刻注穴法的开穴规律,是先开与本时辰之时干相应经脉的井穴,然后依照“阳时开阳经穴”、“阴时开阴经穴,及“经生经”“穴生穴一”的原则,开本时辰其它四穴。每时辰相生五经流注五穴。
例如:诸日六甲时即(包括甲子、甲寅、甲辰、甲午、甲申、甲戌)，则依照上表查得甲栏，依次开五穴。比如甲子时，开五穴，甲寅时也开此五穴。但是需要注意，甲戌时乃气入三焦时，此时要开三焦五穴。
同理，诸日六己时即（己丑、己卯、己已、己未、己酉、己亥），则依照上表查得己栏，依次开五穴。比如己丑时，开五穴，己巳时也开此五穴。但是需要注意，己卯时乃血入心包时，此时要开心包五穴。
那么，是否甲时只能开阳穴？那如果此时是五脏之疾就没治了吗？己时只能开阴穴？那此时六腑之疾就没治了吗？
不是的，《扁鹊神应针灸玉龙经》云“一日刺六十六穴之法，用甲、丙、戊、庚、壬五穴，每时相配乙、丁、己、辛、癸。一时十穴”。甲与己合，乃夫妇，故而对于一日来讲，六甲时开阳穴还能开六己时阴穴，六己时也能开六甲时阳穴，可知一时可有十穴可开，包含五脏六腑，何来后人“无穴可开”之说？何来“拘于阴阳”“机械死板”之说？
《针经指南》夫妇配合刺法云“大言阴与阳，小言夫与妇，阴日阴时则当刺阴干，阳日阳时则当刺阳干，故阴阳者气血也。阴日血先气后，阳日气先血后。经云∶荣行脉中，卫行脉外。故阴日虽遇阳时（如乙日甲时当刺甲之五阳穴），刺阴干（己之五阴穴）者何也？盖阴日血先行引气，后随血入脉中而行，此为妇有气，夫往从之者(己合甲也)，故（刺己）阴干（五穴）是也。故阳日虽遇阴时（如甲日乙时当刺乙之五阴穴），刺阳干（庚之五阳穴）者何也？盖阳日气先行引血，后随气流注在脉外而行，此为夫有气，妇往从之者（庚合乙也），故（刺庚）阳干（五穴）是也，如斯之论，此之谓也。”故而《扁鹊神应针灸玉龙经》时日配合穴法云“阳日阳时（可）针阴穴，阴日阴时（可）针阳穴；阳日阴时（可）针阳穴，阴日阳时（可）针阴穴”。
