有机食品认证的初次申请业务全过程包括：企业提交有机食品认证申请，由有机食品认证中心对企业提交的申请进行文件审核、如果审核通过则委派检查员进行实地检查并进行形式检查，然后由有机食品认证中心的人员进行综合评审，再进行颁证决议和制证发证。
一、审批内容：
1、申报材料是否规范齐全。
2、基地环境、质量管理体系、生产过程控制体系是否符合GB/T19630《有机产品》要求。
二、法律依据：
1、GB/T19630.1-.4《有机产品》标准。
2、《关于印发产品质量认证收费管理办法和收费标准的通知》
3、中华人民共和国认证认可条例。
4、强制性产品认证标志管理办法。
三、办事条件：
1、申请人向有机食品认证中心提出正式申请，填写《有机食品认证申请书》，并同时填写相应认证领域的《有机食品认证调查表》，并按照《有机食品认证书面资料清单》准备文件；若缩短、免除转换期则需要同时填写《缩短、免除转换期申请书》。
2、申请人与认证中心签订《检查合同》、《标志使用合同》。
3、缴纳相关费用。
四、办理程序：
1、代办申请。有机食品认证中心根据申请企业或个人的申请信息为其代办申请。
2、文件审核。有机食品认证中心按照《有机食品认证合同评审及文件审核》进行审核并委派检查员进行实地检查。
3、综合评审。有机食品认证中心根据申请人的《申请表》、《调查表》等相关材料以及检查员的《检查报告》和样品检验报告等进行综合审查评估，编制《有机食品认证综合评审报告》，报经部长审批后办理批件。
4、颁证决议。认证决定人员对申请人的《申请书》、《调查表》及相关文件、检查员的《检查报告》和有机食品认证中心的《有机食品认证综合评审报告》等材料进行全面审查，客观的做出同意颁证、有条件颁证、有机转换颁证或拒绝《颁证的决定》
5、缴费管理。有机食品认证中心对申请人的缴费情况进行核实，未交费催其缴费下发《催缴费通知书》已缴费发下证书。
6、制证发证。核实缴费信息后对申请企业下发相应的证件。