爱子在一场车祸后与人造人换脑，然而爱子在得到人造人身体后无法抑制细胞的增值而造成了侵蚀日本整个水系的灾难，人造爱子和进行这场手术的由良医生的复制体逃了出来。只有把脑换回去才能终止这场灾难，但是人造爱子应该就会消失。主角一队在回到换脑地点路上历经千辛万苦培和人造爱子养出了感情，人造爱子最终换脑后在吉祥物保护下活了下了。科技的副作用又在人类的感情下走向了正轨。时曾相似啊

放一波维基介绍
In the year 2035, a biological research project went awry, resulting in an incident called the "Burst" that transformed Kurobe Gorge into a quarantine area infested by a rampant growth of synthetic organisms. Two years later, high school student Aiko Tachibana finds that she may have an unexpected connection to the lifeform that killed her parents, and resolves to solve the mystery with the help of fellow student Yuya Kanzaki.
下面按照时间和逻辑顺序介绍一下人物。

桐生
他培养了人造人理论的一大批人才并开创了桐生生命工学研究所，人造人技术将使人不老不死，他第一个把弟子由良的大脑复制到了人造人神崎身上，他是人类的福音。至于那场人造细胞增殖的灾难，并不是他的错。在技术还没成熟的2035年，这一位伟大的老人闭上了双眼。

神崎雄哉，实为由良医生，一号实验体

A new student at Aiko's school and the other protagonist of the series. His mature demeanor sets him apart from the other students. He tells Aiko the truth and makes for the Primary Point with the Divers. His objective is to put an end to the Burst, but much about him is shrouded in mystery -- something that will eventually have a large impact on the team.
神良医生是桐生门下的天才，他主治了爱子车祸的换脑手术并创造了世界上第一个由自我意识的人造人，但是人造身体渴望原本的大脑引发了人造细胞爆炸增殖危害到整个水系的事故，史称“大爆炸”。桐生在大爆炸中把他大脑换到了人造人身上，他为了终止大爆炸，要把人造爱子带回原本手术室把脑换回来，但是这样人造爱子很可能活不了。神良医生化身神崎转校生来到人造爱子的学校，他为了让人造爱子死去的时候不留遗憾，他和同伴欺骗人造爱子说她是爱子脑人造身，换回去后消失的只是人造人所以不必伤心。他为了让与人造爱子同行的打捞队员以为同行的女孩最终活了下来，也欺骗队员这女孩是爱子脑人造身。最终的圆满让他也有些意想不到，他也或许很快就把永生的技术带来世界吧。

补一张桐生照片

人造橘爱子，Aiko's incarnation，爱子的化身，二号实验体


The main protagonist of the series and a cheerful, energetic girl. After losing her family in the Burst, she continues her rehabilitation as she attends high school in a wheelchair. After meeting a new transfer student named Yuya Kanzaki,she is shocked by what he tells her about her family and her own body. While struggling to absorb the new information, she decides to join forces with Yuya.
她是爱子车祸后的人造脑爱子身，世界上第一个有自我意识的人造人。她继承了爱子本身元气少女的性格，虽然转学生神崎说要帮她取回身体，但是神崎对她貌似漠不关心的态度让她生疑，她被迫与神崎一队前往原来的手术室换脑。但是当她明白事情的真相之后，她宁愿赴死去终止这场灾难，让真爱子得以和家人团聚，让人类得以安全。众人纷纷为此而感动，她的善举也引来了吉祥物的保护而在换脑后活了下来，她终于过上了一个普通女孩的幸福生活。

其实以现在的生物技术克隆一个人也可以做出人造脑，只不过动画里面的人造脑生长得迅速，组成物质也比较NB罢了。

橘爱子，AIKO TACHIBANA，真爱子



爱子的父亲和天才医生由良有关系，他在桐生生命工学研究所准备了爱子的人造人肉体，他在送出了研究所集智型吉祥物之后和爱子遭遇了车祸。爱子的父亲估计是去了，爱子重伤而不得不启用人造人肉体。由良复制了爱子的大脑到人造人原本大脑上，并把爱子的大脑移植到人造人身上，不料人造肉体细胞渴望原本的大脑而爆炸性增殖，吞没了整个手术室乃至整个水系，所到之处人造细胞都会不由自主地攻击人类，即将有进入大海威胁到全人类的危险。最终由良把大脑换回被修复好的身体，爱子一家得以团聚。
就不要管这种细胞的增殖速度了

是复制不是克隆，感觉这是一个很重要的概念应该要分清，它和本体有着巨大的差别？

柚子，桐生门下伊佐津之女，三号实验体

她复活了，她爹疯了。貌似和主线没什么关系。

伊佐津 恭介

官方英文介绍保护度娘封禁内容
他是桐生门下的优秀弟子，在桐生和天才弟子由良离开后接管了医院和研究所，为了复活女儿柚子而要把二号实验体抓回来而不惜让混沌形态的真爱子毁灭世界。他怀着献身科学拯救女儿的梦想承受巨大的痛苦控制了原来手术室的柚子复制体来阻止由良，反倒被由良的同伙切断了连接而成为植物人或者疯了。
话说剧情压根就不需要这样一个反派真是可怜了一个医学家，可怜了CV子安武人

伊佐津不是真正的反派，混沌对策局不是真正的反派，最大的反派算是政府。这里的政府有点弱鸡地放任事态发展。要是我是政府就一支军队一把火一个核弹把爱子炸死

LZ我昨天补完有个疑问，真身假脑的爱子身体是如何一直有结晶化现象的，最后又是如何变回来的，大概知道是男主的欺骗手段却没想明白

谢谢楼主的解析，但我仍有一些疑问，柚叶父亲是由于什么而在唤醒柚叶方式上而误入歧途（我想把最后的“变态巨大版混沌龚介”理解为编剧的恶意，暂时可以忽略）
另一个问题就是为什么柚叶有这么多复制体和为什么柚叶和复制体在断开联系后就醒来了（感觉她父亲的疯狂显得十分怪诞，如果没有合理解释就像一个巨大的败笔）。希望大佬能帮我解惑。
附：承认我看的不仔细，希望各位见谅。