1688年，北京西从井径，北至医闾一带久旱无雨，农户的庄稼基本上颗粒无收，不少灾民挣扎在死亡的边缘。李振裕奉朝廷命令前去赈灾。为了掌握灾情，他没有呆在寓所听汇报，而是亲自深入灾区，一户一户地了解受灾面积和困难状况，并指示州县官员开仓放粮，救活了很多濒临死亡的灾民。李振裕回朝时，灾民们沿途跪拜，非常感激这位救命恩人。这期间，李振裕先后被提任为内阁学士、礼部侍郎、吏部侍郎，1691年又被提升为工部尚书。康熙皇帝对他也很宠爱，1688年孝庄太后升祠太庙在山东泰山建成，举行落成典礼时，康熙皇帝特命李振裕代自己赴泰山拜祭。
过了几年，李振裕由工部尚书转任刑部尚书。他审案通明练达，判案公平公正。当时发生了有名的“陈汝弼案”，该案本是陈汝弼受贿3000两银子的一个普通案子，却引发了满汉官员之间的争辩。满官为了打击汉官，将其升级为大案，主张对陈汝弼“情真立斩”，而李振裕坚持查清后再判决，这些情况被满官写成奏折上报康熙，要求立即惩办。但李振裕仍一身正气地对满官说：“定罪未有口供，大人应斟酌，且陈汝弼昨日所首字纸及书札不足也。”该案直到被彻底查清后，李振裕才公正地判决。

1699年，李振裕由刑部尚书改任户部尚书。上任不久，康熙命他督修皇宫太和殿。户部负责掌管朝廷的钱财和粮食，而督修太和殿又是一个发财的好机会。但李振裕躬行节俭，操守廉洁，丝毫不为钱物所动。他经常上工地督促维修，严把质量关，对费用却总是卡得很紧，做到“工成费省”，赢得朝廷上下的广泛赞誉。
1704年，李振裕由户部尚书转任礼部尚书。四年后适逢礼部大考，这年云南省的考生特别多。云南既是边蛮之地，又是叛将吴三桂的老根据地。自1861年平定吴三桂叛乱后，云南的反清情绪一直较浓。为了安抚云南，李振裕主动上奏，请求朝廷对云南考生增加录取名额，康熙特破例批准。为了嘉奖他对朝廷的忠心，康熙皇帝亲笔题写了“咸中有庆树滋堂”，制成御匾赐给李振裕。
秉公进言是李振裕一以贯之的可贵品格。翻开《清史稿》中的《圣祖本纪（三）》可知，康熙年间，江西、河南、湖广一带经常遭受旱涝灾害。江西是鱼米之乡，每年要向朝廷进贡大量的粮食。灾害之年，要完成税赋任务就尤为困难，而运输粮食的时间又被安排在冬季进行。冬季时，赣江因水浅道险，既增加了运输难度，又增加了运输成本。江西督抚曾多次上疏请求减少税赋任务，更改运粮的时间，而户部一直未予批准。李振裕得知情况后，领头向朝廷上疏并陈明理由。康熙皇帝接到奏折后，立即派人核实情况，并批准为江西减免税赋，将运粮的时间改在春季进行。据清光绪版《吉水县志》载：仅吉水县每年就减免贡粮1600余石，还减轻了运粮负担。 1709年，李振裕因积劳成疾，死于任所，享年68岁。一生著有《白石山房集》27卷，参与了《清史稿》中部分文章的编撰工作，还与吉水知县王雅合作，编撰了《吉水县志》16卷。
李振裕因族曾祖父李邦华任过明朝的兵部尚书，族祖父李日宣任过明朝的兵、吏两部尚书，父亲李元鼎晚年被清廷赠为户部尚书，自己又历任工、刑、户、礼四部尚书，所以后人称他家为“一家八尚书”。