明朝开国皇帝朱元璋执政期间，因丞相胡惟庸相权权力过大而架空君权，在杀胡惟庸后废除丞相制，禁止再设，中国历史上有着上千年演变历史的丞相一职正式退出历史。不过，皇帝还是会需要一些文官来帮助自己批阅奏章、处理国务。明成祖朱棣在位时期设置文渊阁，延揽大学士入内阁，正式有“内阁”之名。明成祖设内阁置大学士作为秘书兼顾问组织代之，本意为将其权力降低，事实上由于皇帝的信任。居首位的大学士（首辅）权力可以与宰相相比。到明宪宗成化（1464年—1487年）年间，首辅制臻至成熟，并为后来历代帝王承袭。明中叶尤其是嘉靖、隆庆、万历初三朝(1543-1582年)，调旨票拟之权尽落首辅之手。今天我们很熟悉的杨廷和、夏言、严嵩、徐阶、张居正等明代历史人物，都是中国古代史上著名的权臣、名臣，他们的权势一度可以与前朝的宰相相比，但是实际是仍然是皇帝的“私人顾问”。
清代初年保留了内阁的设置，但实际上内阁已经不再作为决策机构。雍正四年（1726年），筹划用兵西北，为求保密并削弱内阁等机构的权力。军机处的位置常在圆明园出入贤良门外御河南军机堂。军机处本是一个非常的临时机构，摆脱了原有官僚体系的推诿繁冗的弊端，非常适合皇帝加强皇权的意愿，所以，在准噶尔战事平定之后，按理应裁撤军机处，但结果非但不将其撤销，反而进一步扩大了军机处的权力，使其超越议政王大臣会议、内阁，成为最主要的政治核心。
乾隆帝即位后曾一度撤除军机处，改设总理事务处兼理军机事务，简称总理处，以庄亲王允禄、果亲王允礼、保和殿大学士鄂尔泰、张廷玉为总理事务王大臣，原军机大臣讷亲、徐本、班第、索柱、丰盛额、海望、莽鹄立、纳延泰改在总理处“协办总理事务”或“差委办事”。乾隆二年十一月（1738年1月），准总理事务王大臣解职，复设办理军机处，以鄂尔泰、张廷玉、讷亲、海望、纳延泰、班第入值。咸丰十一年（1861年）成立总理各国通商事务衙门后，军机处之决策权渐移。但在奕失势后，军机处又重掌大权。
纵观明清两代的这样决策机构发展历史，我们可以发现，随着专制主义中央集权的加强，皇帝的权力达到空前的状态，原本握有决策票拟权力的内阁逐渐被架空，代之以没有决策权而只能“跪受笔录”的军机处。