柯南在傍晚来到了东京塔下,东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心!柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢,正在向外传播加密数据时,柯南意外的被人从后面击昏,那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起,由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论:黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博,而天皇本人也是黑衣组织的的支持者!组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张!
而美国政府也早有察觉了这一点,并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时,毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开,走进来的是——“Sherry”。
第五部份:接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴,是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样,赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份,她说可以放走秀一,条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了,秀一为救哀而死,留下遗言:“无论在那个世界,你叫什么名字,我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部,在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时,总教练出现了,居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了,但跟踪而至的兰却跳了出来,兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤,兰终于爆发奥义,一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时,Gin突然出现了,把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪,并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问:“不是你要我到这里来杀死她的吗?”Gin突然扣动扳机,一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南,自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房,而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京,越来越多的信息汇集起来,在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份:真相只有一个
Gin和Vodka不知去向,哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车,两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙,上面出现的居然是前首相吉田的脸,他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开:基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标,并不是因为宝石值钱的原因,而是因为其中的一块宝石并非出于地球,而是来自银河系之外!它特殊的物质可以放出特殊的射线,改变细胞的分裂成长方向,从而让细胞获得永恒的生命!
为了在黑暗组织之前找到宝石,黑羽本人假装葬身雪地,让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手,也正是在宝石射线的启发下,黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程,需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态,组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人,大家都非常惊讶。哀说:“不要再躲躲藏藏了,快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头,眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话:“因为他早就死了。”
第七部份:人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果:吉田首相早在5年前就死去了,杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说,现在黑衣组织的最高头脑,就是这台具有人工智能的电脑而已,它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。