【组织结构】
1.秘书室。主任、副主任。下设文书组、机要组。
2.甲室。由首长的几个贴身秘书、译电员组成。专门处理首长交办和首长直接指挥的外勤单位与公开特务单位等方面的工作，后缩减成为清查公文、保管重要文件、摘要、登记手令和私人往来信件等工作。
3.第一处，军事情报处。由于军统局是军事性质的机关，简称“军事处”。该处下设军事情报科、军运科、策反科、国际科，以及主管派在各部队中担任谍报参谋工作的谍参科。
4.第二处，党政情报处。该处下设党政科、侦防科、航侦科（主管航空侦查）、中共科。
5.第三处，行动处。下设行动科。“行动工作”的内容，包括绑票、暗杀、破坏、逮捕等。在各地的行动总队、大队、队、组等八十多个。有关这类业务，都属于第三处管理。
6.第四处，电讯处。该处主管无线电通讯、电讯机制造、报务员训练和领导数以千计的无线电台工作人员。该处下设通讯、机务、工务、考核等科，并指挥几个平台和侦测台与密码研译等机构。
7.第五处，司法处。该处下设审讯科、狱管科。
8.第六处，人事处。该处下设人事行政科、考健科、福利科、卡片室，负责军统全部组织与人事。
9.第七处，经理处。下设综计、审计、预算、财务等科及现金出纳股。
10.第八处，总务处。下设庶务、管理、交通三科，并领导汽车大队、电话队、农场、官兵消费合作社。
11.训练处，主管军统几十个训练班的训练工作。
12.警务处，下设警务科、稽查科，主管公开控制的警察机构与稽查处等方面的工作。
13.布置处，1945年增设该处，专管对沦陷区的布置工作。
14. 其他内勤部门：设计委员会、策反委员会、惩戒委员会、考核委员会、财产清理委员会。

【备注】