青春时期随着玛丽的长大,她父母的婚姻逐渐陷入危机;由于没有男性继承人,亨利八世急切想结束与凯瑟琳的婚姻并续娶。1525年,亨利八世认定凯瑟琳不能为他生下男性继承人,并且和女侍官安妮·博林(又称安·波林)发生婚外情。亨利八世决心和凯瑟琳离婚,但凯瑟琳坚持认为自己是王后,拒绝与亨利八世离婚。于是亨利八世将凯瑟琳驱逐出宫。1531年开始玛丽经常由于月经不调和抑郁而生病,不过没人知道生病的根本原因是什么,是压力,青春期还是顽疾并无定论。她不能见她已经被亨利驱逐出宫的母亲。1533年1月,亨利八世秘密与安妮·博林结婚,英国国会随即立法脱离罗马教廷,大主教克兰麦接着宣布亨利与凯瑟琳的婚姻无效,与安妮·博林的婚姻合法。1533年6月1日,安妮·博林加冕为英格兰王后。三个月后,她生下女儿伊丽莎白(后来的英王伊丽莎白一世)。凯瑟琳被褫夺王后的称号,并幽禁在一个下等庄园里,久病不愈。玛丽也因此被贬为私生女,不被允许和母亲见面。1533年12月,玛丽被命令成为同父异母妹妹伊丽莎白的女侍官。这段时期,玛丽的身体仍然抱恙。1534年春,亨利八世通过“王位继承法”宣布凯瑟琳的女儿玛丽乃是私生女。在各种场合,她的称呼是“玛丽·都铎”小姐,而不是公主。父亲对她百般排挤,她的侍女被撤换,然后她被驱逐出宫并软禁,被剥夺了一切称号。但她还是倔强的称自己为国王的合法的女儿,而不是什么私生女。这使得亨利八世十分愤怒。他取消了女儿所有可能的亲事,包括神圣罗马帝国皇帝查理五世(他是玛丽的表哥)和法国国王弗朗索瓦(他也是玛丽的表哥)。因此玛丽频繁的生病,连御医也“虐待”她。玛丽和亨利八世的关系日益恶化,他们三年不曾说话。尽管玛丽和她的母亲都在病中,但她仍然不能去见自己的母亲。1536年凯瑟琳病故之后,父亲亨利一直不批准玛丽出席葬礼,玛丽极为伤心。凯瑟琳被安葬在彼得伯勒大教堂,玛丽随后也在赫特福郡开始半隐居的生活。