初代的死因，个人感觉，只能有一下3个方向
1被六道仙人或者六道仙人妈妈的娘家杀死（只有他们有能力强杀初代）
2成也细胞败也细胞（初代是一个超级强大的医疗忍者，在研究自己的道路上作了死）
3最有可能的一个，查克拉，火影忍者世界的查克拉，分成两个派别，一个是自然查克拉（原本的就存在的查克拉）一个是神树和尾兽，转换过来的新查克拉，初代的查克拉超过尾兽（接近神树，就是十尾），初代就应该是，自然查克拉修行者，唯一一个自己修行仙人的忍者（不是靠召唤兽的仙人教的），在修行的过程被自然查克拉杀死的
（木遁应该是自然查克拉的表现形式）