1、概念不同，针对的领域不同
保密资质，全称为武器装备科研生产单位保密资格。保密资格认证是国家对武器装备科研生产单位的保密基本条件的评价和认可，是企事业单位承担涉密武器装备科研生产任务的必要条件
涉密资质，全称为涉密系统集成资质，该资质是从事涉及国家秘密的计算机信息系统集成业务的单位需要取得的，比如说业务为软件开发，网站建设，安防监控，数据维护，运行维护等。
二者在概念上就可以看出他们的不同，涉密信息系统集成资质针对的是涉密的系统集成业务，保密资质针对的是涉密的武器装备科研生产业务。

2、划分的类别不同
保密资质分为一级、二级、三级三个等级。
一级保密资质可以承担绝密级、机密级、秘密级科研生产任务；
二级保密资质可以承担机密级、秘密级科研生产任务；
三级保密资质可以承担秘密级科研生产任务”。
涉密信息系统集成资质分为甲级和乙级两个等级。
甲级资质单位可以在全国范围内从事绝密级、机密级和秘密级信息系统集成业务。
乙级资质单位可以在注册地省、自治区、直辖市行政区域内从事机密级、秘密级信息系统集成业务。

3、主管机构不尽相同。
涉密信息系统集成资质由国家保密局主管。
保密资质由国家保密局、总装备部和国家科技工业局主管。

4. 认证阶段不同。
涉密信息系统集成资质认证包括申请受理、书面审查、现场审查、专家评审和授予等5个阶段。
保密资质认证包括资格认定、审核、申请受理、现场审查和审批等5个阶段。
5. 评分标准不同。
涉密信息系统集成资质认证的现场审查现场审查评分满分为100分，达到80分(含） 以上为通过现场审查。
保密资质认证的现场审查评分满分为500分，达到450分（含）以上为符合标准。
此外，两个资质还有很多相同点，比如保密工资是核心工作、保密体系要求基本一致等。

对两种保密资质的讲解就到这里了，企业区分清楚之后就知道自己应该办理什么资质了。军地网作为全要素军民融合科技服务平台，全时接受企业相关咨询，并且提供军工资质全程辅导服务，想了解更多您还可以登录军地网民参军服务平台自行查看，所有军工资质的疑问您都会得到满意的答案。