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益生菌不能长期食用，过多的外来菌种，会打破肠道内原本就存在的菌群平衡，长期食用弊大于利，应在医生的指导下适量服用。
《新科学家》杂志有文章指出，益生菌基本无益，甚至可能有害。该文指出，益生菌在肠道内的生存状况因人而异，不存在适用于所有人的万能益生菌。
接受抗生素治疗后，服用益生菌不仅不能帮助恢复和改善肠道系统，还会造成肠道微生物系统混乱。
当肠胃功用出现问题时。通常会致使肠道内菌群失调，如有利细菌减少，有害细菌增多，这个时分补偿益生菌，相当于直接补偿正常生理菌丛，克制致病菌，推进营养物质的消化、吸收，克制肠源性毒素的发作和吸收，抵达调整肠道内菌群失调的目的。
其实呢，与其补充益生菌这些外来菌种，还不如直接补充益生元，益生元作为益生菌的食物，为人体肠道内的益生菌种提供能量补给，增强肠道内益生菌的繁殖速度和分泌抑菌物质，压制肠道内的有害菌生长，恢复肠道内的菌群平衡，达到改善肠道健康的目的，而人类肠道内，本来就栖息着大约100万亿个细菌，其中包括了细菌、真菌、古菌以及原生动植物（甚至病毒）等种类众多的微生物，与其补充一些外来菌群，还不如把人体肠道内天生自带的益生菌“原住民”养好了，这样改善肠道健康问题，不是更加安全无风险？
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