商人出自黄河流域东西两大系部落集团中的东系，虽然与夏人一样是东西的两大系部落融合的复合型共同体。商族子姓乃东夷少昊玄鸟之子，是北方母系的有娀氏和东夷父系高辛氏在漳水地区相融合而形成的，由于政治婚姻而受封的北方贵族参入商王室，使得部分商族含有北亚人种因素。
由此推测，早期商族Y-DNA可能是O2-M122的支系（002611或者F444），但晚商时期，由于政治婚姻而受封的北方贵族参入商王室，出现了O2-M122和C2c-F1319南支的联合政权。
周人灭商后，为了控制中原的广土众民，把一部分殷遗民西迁到了周人直接控制的地区，今豫东（宋国）和鲁西南（鲁国），就是殷遗民迁居的集中地点，但另一部分殷遗民北逃至东北、南逃至江苏，可能是河南河北东北山东江苏父系F1319约占10～12%的由来。
考古证据表明，早期商族以东亚人种为主，但晚期出现东亚人种和北亚人种的混合特征。

新石器时代，中原地区西部有很多仰韶文化遗址（发源于黄河上中游），南部有不少屈家岭文化（发源于长江中游），东部有大量大汶口文化遗址（发源于黄河下游），其中大汶口文化势力影响最大，龙山文化是继承大汶口文化而发展出来的，覆盖了中原及其南北地区。商周时期黄河中游地区出土的人骨种系复杂，含有南亚、北亚因素，可见古代中原不止是文化多元一体，并且是民族大熔炉。

早期商族以东亚人种为主，但晚期出现东亚人种和北亚人种的混合特征。周人体质上具有明显的东南亚人种特征：低面、低眶、特阔鼻、突颌，和仰韶文化先民高度一致。

河南荥阳薛村遗址早商人骨复原图。该组颅骨在种族特征上归属亚洲蒙古人种的东亚类型，最接近殷墟中小墓2组。

从上述比较结果来看，汉代潘庙组（距今2000年）和大汶口组（6000年前）、殷代中小墓2组（3100年前）之间的函数值较小， 表明他们在体质特征上存在着较多的一致性。该组与本文标本之间的函数值均属最小者，暗示出二者之间在体质类型上存在着明显的相似性，暗示大汶口文化居民是商族的主源头。殷商中小墓2组具有非常明显接近现代东亚类群的特征，最接近大汶口人，这是整个商族的主体类型。

殷墟中小墓3组的晚期人骨复原图，长着宽大脸盘，具有明显的北亚人种特征，只不过是商族中的少数人而已。殷墟中小墓3组的颅骨可能属于殷商晚期的外来种系，混有北亚蒙古人种特征，暗示商族的部分祖先可能与北方游牧地区的古代居民具有关联性，只不过是个别现象。据学者的推测，殷代中小墓3组墓主人可能是受封的北方贵族，或是政治婚姻的缘故。《史记·殷本纪》载：契的母亲叫简狄，出身于有娀氏。从简狄、有娀这两个名字来看，很可能意味着商人的母系先祖来自华北北部地区的戎狄之民。传说中的契就是商人鼻祖，而契母吞鸟卵而得子的传说似乎与有着鸟图腾传统的东夷族相关，玄鸟乃商人之图腾，商人子姓乃东夷少昊玄鸟之子。商族是有北方母系的有娀氏和东夷父系高辛氏在漳水地区相融合而形成，使得部分商族体质上从东亚人种偏向北亚人种，却与东方诸国的关系越来越疏远，比如：人方反对殷商政权，帝辛十祀伐人方。
相传契为商族始祖，其母简狄为有娀氏之女，帝喾次妃。子姓是商王家族的姓氏，以东夷少昊为远祖，以契为始祖，原先居住黄河下游一带。商族的始祖名契是以鸟为图腾的东夷部落首长。自契受封于商地，其子孙开始于此生息、繁衍。传说舜作为著名的东夷集团首领（孟子曰：舜，东夷之人也），任契为司徒，让他用家庭伦理观念教化百姓，把他封在商地，赐姓为子。
截图原文摘自中国社会科学院编著《商族起源与先商社会变迁》。