孝陵卫内并设“经历司”,这就是当时的军事警卫机构,是作为专业性保护“孝陵”的部队。其中,有5600名官兵一卫,一卫中有5个所,每一个所中有1120人。这些官兵都是经过长期训练而挑选出来的。其中又挑选了500名精兵。精兵的选择标准:能骑马扬鞭,飞速奔驰,还要骑马跨过一道壕,越过一堵墙,并在马上开弓射箭,三箭中两箭者才为合格。
这些精兵每五年进行调整考核一次,据史书记载,“不能胜任者,可令其男儿承替,无男儿承替者,应侍禄回乡养老。”和末位淘汰制一样,不能胜任的人,就可以令他们的儿子来继续帮着守陵。如果没儿子顶职的士兵,就可以领着俸禄回乡养老去了。这像领退休工资一样。据了解,当时其他一些兵种好像没有这样的福利。
孝陵卫的官兵共驻扎了267年,直到明朝灭亡。此后,孝陵不再有驻军把守,遭到严重的破坏。康熙、乾隆南巡谒陵时,都觉得孝陵应当保护,特设守陵监两员,陵户四十,并拨出司香田若干。到清咸丰三年,孝陵地区又成了太平军和清军的战场,孝陵和灵谷寺等地面的木结构建筑遭到毁灭性的破坏,时人有“草满故陵埋石马,月明荒径泣铜驼”的诗句,描写了孝陵的荒芜情景。