人体肠道内正常的菌群达400多种，100万亿个左右，菌体的重量约1~1.5千克，依据其数量多少可以分为主要(优势)菌群和次要菌群。
不健康的肠道是坏菌繁殖的绝佳场所，大量的坏菌会导致阿摩尼亚、硫化水素及粪臭素等有害物质的产生。这些物质不但是恶臭屁的来源，更会加速肠壁的老化，产生导致癌症的物质，成为大肠癌的发病根源。
再次地吸收对身体有害的物质，有害物质不会乖乖地待在肠内，它会随着肠的吸收而跟着血液循环全身，引起疲倦、肌肤干燥、头痛、呕吐等身体不适，会发生恶臭的物质更会经由血液，透过嘴巴或身体而散发出来。
病原体容易侵入，不健康的肠内，乳酸菌等好菌的量会变少，肠内呈碱性。另外，因坏菌所产生的有害物质使肠壁所具有的免疫功能下降，导致肠内杀菌作用变弱，细菌或病原菌更容易侵入。
一旦肠道有益菌群与有害菌群的平衡被打破，癌症、肥胖症、代谢综合征、过敏、肠胃功能失调、口臭以及牙龈炎等疾病便会接踵而至。