第一步：清洗过滤棉
第二步：清洗生化棉
第三步：玻璃环(陶瓷环、生物石等)
第四步：活性炭(吸氨石、麦饭石等)
因过滤桶密封性及安装相对复杂，且为了保护硝化细菌系统，不宜经常清洗，因此，选择的过滤材料要价格贵些比较高极的材料。
第一层是属于物理过滤，主要是将水中的固体残渣阻挡住，所以特别容易脏，清洗也是以这一层为主，其他几层通常很少清洗，常洗反而容易失去硝化菌。清洗是利用给鱼缸换水之机。
取出滤棉，在抽出的鱼缸水中反复漂洗，也可利用抽水管对滤棉反冲(当然冲力十分有限)洗。清洗时，要注意：
一是清洗过滤棉的时候要用原缸水清洗。因为用原缸水清洗过滤棉能减少有益菌的损失，这样能延长清洗过滤棉的间隔时间。
二是清洗过滤棉千万不要像洗衣服那样搓和扭干。而是要泡在原缸水里搅一搅，脏东西甩出来就行，要不脏东西一搓就容易积聚到棉的深层。
清洗生化棉：放入清水中，轻轻捏几下就可以了，不要洗的太干净，因为里面有大量的细菌附着，洗得太干净，细菌还要重新繁殖，这样鱼缸的水反而不会清澈。
陶瓷环的清洗方法：陶瓷环放入锅煮半小时，然后放入高锰酸钾进行浸泡半小时，然后用清水冲洗。颜色发黄根本不影响使用，里面是有微生物的存在，其实正常的清洗只要全部倒出来，淘洗几遍就可以了，不要洗的太干净。