随着普尼带领下联军的反击，在激烈争斗后议会被覆灭，魂姬牺牲，教派败退，在精灵王帮助下英卡双行态合体轮回系贾斯汀等人杀出黑天，期间伊洛维奇生世揭开为太祖兄长之子，青龙牺牲自己把神兽之血给哈莫完成最终强化，魂王因为魂姬的死内心觉悟乘机救出魂帝逃之夭夭，魔使被黑天所擒，千叶混沌飞王同归于尽，冥渊背后主人以强大黑影现身，黑地王用装备浪败被索伦森所得吸收法器力量达到巅峰，废去地王混沌以此要挟普尼决一死战，联军与教徒殊死搏斗，此时黑天海盗出现，海盗用恶魔锁暂时困住二人，索伦森因本质不离圣灵也受压制更被反噬，原来黑天让海盗用魔使做活体实验解析了魔使合体的魂王密法发现它逆向发动可以使自身外来属性产生反噬，而索伦森也是用密法拨离属性的，同时这期间海盗还重新打造出恶魔锁，此刻密法在锁上发动，索伦森痛苦不堪下释放混沌之力，黑影现身全部吸收现形，所有人震惊，它是混沌之主卡欧斯，这时教徒混沌之力灰飞烟灭后倒地，联军全力击开恶魔锁，索伦森遁走，普尼元气大伤，黑天和海盗离开，众人散去，几天后普尼和麒麟找到奄奄一息的索伦森，他依然不悔过说道：我虽身死，新秩序才刚刚开始建立，当初被麒麟救下的暗联此时出现，普尼：它们曾经和你一样，现在面对大势所驱做出了自己的选择，你为了妄想的新秩序抛弃它们，背弃圣灵，为什么你被废去混沌没有横死当场，因为你又找回了圣灵，为什么你也会中压制圣灵一族的恶魔锁，你有真正背弃它吗，你真正的宿命又是什么。索伦森大彻大悟：我做这一切都是毫无意义的，普尼我一直想超过你，现在我已命不久矣，让我最后助你一臂之力吧，孩子们你们早已有了属于自己的思想不再是我所谓的造物，最后还有你们在我身边，我万分知足，保重，孩子们！暗联泪别主人。索伦森融入体内圣灵之中，那力量进入普尼体内，产生巨大变化，精灵王出现用上所有力量助其完成提升，完全体的创世神灵普尼诞生，准备与黑天等众开始关乎宇宙秩序的决战，此时卡欧斯也觉醒了最终的混元系和黑天海盗达成协议并感觉到自己等待的宿命秩序之战已经到来，卡欧斯对普尼，赛尔号对海盗，光暗战联与神兽级哈莫对其他众长老，其他神兽与合体轮回英卡和圣萨也加入，大战一触即发。然而实力相差悬殊，联军败下阵，此时暗联挡住致命一击，死前与战联合二为一，变为神迹战联（致敬约瑟），联盟审判对黑天暗法，但依然相持不下，飞廉欲发动泰坦神器偷袭赛尔号，贾斯汀以重伤为代价击落，长老们先后被灭，其中布莱克手刃了威叔，太祖最后选择与常和光火神殿同归于尽结束自己一生对这个家的亏欠，二人生死相随，天邪与哈莫、轮回英卡战斗见大势已去，拆招被击中倒地，望着上方普尼和卡欧斯两股秩序的战斗：“恩怨情仇，有人是为了登上宇宙权力的霸主宝座，还有人为了重铸这新秩序，这就是如今我们想要的战争？也许明天的黎明不会升起，因为乌云蔽日！大暗黑天！”一代枭雄落幕。哈莫说道“仇恨让你太累了，好好睡吧。”海盗也因其他神兽的帮忙，惨败撤离。众人看着普尼，“缘起缘灭，新秩序的建立已经不在你我之间，而在每个人的信念，序之终章-神灵创世诀。”“醒之终章-混元归虚诀！”最终二人双双陷入沉睡，赛尔号最后也得到无尽能源，但治表不治本，地球更需要人们保护。几年后赛尔号经过改进再次出发进入新的次元宇宙，这次航行目标（探索宇宙奥秘），约瑟传说篇开启