一切的起因是希腊的局面非常稳固，发展安稳。但是一种社会发展到一定程度就会进入瓶颈。
然后有一小撮人发现偶尔混乱发生会促进社会的各方面都会有所进步（比如战争时期科技的发展是和平时代的几倍)所以这群人聚集起来成立的所谓的“秩序”神教。
这个“秩序”在神教建立之初的意义应该是“可控的混乱”
他们用一系列的手法去人为制造出人与人，社会与社会，国家与国家之间的矛盾从而让双方想方设法的提高自己的能力，以此促进整体社会的进步。
但是人是有贪欲的，当秩序神教的人发现自己已经可以只手遮天了的时候，可控的“秩序”也就变得不再可控，其中许多的成员开始为自己的利益进行活动，导致混乱完全不可控制反而愈演愈烈。
这时他们的首领鬼魅，发现自己几乎已经无法控制神教了，所以鬼魅引导主角去杀神教成员，当所有成员都死了的时候，自己才现身。鬼魅最后说“忘了民主吧”我认为她的意思是经过这次神教的事件她得出了一个结论：民主会产生混乱，而混乱是无法掌控的，如果继续下去必然会产生跟神教一样的组织。所以她说她需要一个哲学皇帝，远离众神。个人理解应该是从众神变成一神，只有唯一神才不会产生混乱，才能够有秩序。因为神教事件的失控让鬼魅对“可控的混乱”失去了信心，转投向了秩序的一方。
主角触摸神器的时候也明显的表示了，主角清除了混乱导致了平衡被破环，秩序一方将强盛起来。
所以总的来说这作里的神教最一开始应该是一个“混乱中立”的角色，通过一定的混乱推进文明发展。之后失控开始变成了“守序邪恶”在之后愈演愈烈，失去控制变成了“混乱邪恶”。也就是说本作的“秩序神教”其实比较像“刺客组织”剧情上比较像【刺客信条叛变】。极端的刺客组织是邪恶的。
最后的结局其实引出了第三派势力“维稳者”他们平衡“秩序”与“混乱”哪边弱就帮助哪边，从女主最后说的话也能感觉出她几千年一直在平衡双方实力，而且“维稳者”不只她一个人。这个组织千年来一直注视着两大组织斗争并在关键的时候插手。也许前几代的刺客信条中都有他们的参与的痕迹，我很期待关于这个组织的后续。
之后现代的剧情也可能出现很大的推进，毕竟一个幕后推手一样的组织的出现就是为了改变现代剧情里的刺客组织的弱势进而继续平衡二者的力量。