肛瘘的分类较为复杂,国内外现行的肛瘘分类法多达20余种。现将具有代表性的几种介绍如下。
　　1.按内外口分类
　　(1)单口内瘘：又称内盲瘘,只有内口与瘘管相通,无外口。
　　(2)内外瘘：瘘管有内外口,外口在体表,内口在肛窦,组织中有瘘管相通。此种肛瘘最为常见。
　　(3)单口外瘘：又称外盲瘘,只有外口下连瘘管,无内口,此种肛瘘临床上较少见。
　　(4)全外瘘：瘘管有两个以上的外口,相互有管道通连,而无内口,临床上较少见
　　2.按瘘管的形态分布分类
　　(1)直瘘：管道较直,内外口相对,形成一条直线,临床多见,约占1/3以上
　　(2)弯曲瘘：瘘道行径弯曲,内外口不相对。
　　(3)后位马蹄形肛瘘：瘘道行径弯曲。呈蹄铁状,在肛门后位,内口在后方正中处。
　　(4)前位马蹄形肛瘘：瘘道行径弯曲。呈蹄铁状,在肛门前方,较为少见。
　　(5)环形瘘：瘘管环绕肛管或直肠,手术较困难而复杂。
　　3.按瘘管与括约肌的关系分类
　　(1)皮下瘘。在肛门皮下,较浅,位置较低
　　(2)黏膜下瘘。在直肠黏膜下,不居体表。
　　(3)外括约肌浅部与皮下部间瘘。
　　(4)外括约肌深部与浅部间瘘。
　　(5)肛提肌与外括约肌深部间瘘。
　　(6)肛提肌上瘘
　　4.按内外口,瘘管的数量分类
　　(1)单纯性肛瘘：只有一个内口,一个外口,两者间有一条塞管连通
　　(2)复杂性肛瘘：有两个或两个以上内口,或外口,两个以上瘘管或支管、盲管。
　　5.按病理病因分类
　　(1)非特异性肛瘘(化脓性肛瘘)：一般多为大肠杆菌、葡萄球菌等混合感染引起的肛门直肠周围脓肿破溃或切开后形成的肛瘘此类肛瘘临床上最常见)。
　　(2)特异性肛瘘(结核性肛瘘)：由结核性杆菌感染而引起的肛门直肠周围脓肿破溃或切开后形成的肛瘘(此类肛瘘约占肛瘘患者10%左右)
　　6.1975年全国肛肠学术会议制定的肛瘘诊断标准分类法
　　以外括约肌深部画线为标志,瘘管经过此线以上为高位,在此线以下为低位,只有单一的内口、瘘管、外口称单纯性。有两个或两个以上内口,或瘘管,或外口称复杂性。此分类法目前已在国内普遍使用。
　　(1)低位单纯性肛瘘：只有一个瘘管,并通过外括约肌深部以下,内口在肛窦附近。
　　(2)低位复杂性肛瘘：瘘管在括约肌深部以下,外口和瘘道有两个以上者,内口一个或几个在肛窦部位(包括多发性瘘)。
　　(3)高位单纯性肛瘘：仅有一条瘘管,管道穿过括约肌深部以上,内口位于肛窦部位。
　　(4)高位复杂性肛瘘：有两个以上外口,瘘管有分支,其主管通过外括约肌深部以上,有一个或两个以上内口。