省属高校整体竞争力弱。安徽高等教育在高水平大学和学科建设方面，与外省相比还存在很大差距，在创优争先方面并不突出。在第四轮学科评估中，有些老大学 B 类学科数量非常少，除了安大有 7个，其他学校非常少，A 类更是全省一个没有，形势严峻。在高校教学工作审核评估中，发现还存在教师教学能力低下、教学方法单一，基础能力建设薄弱，教学保障乏力，教学质量监控缺位等等问题。
优质高等教育资源分布不均。与发达地区相比，我省优质高等教育资源不足，特别是高水平大学、学科专业、重点实验室和高层次人才队伍及团队等数量相对偏少。且优质高教资源主要集中在合肥、43芜湖等少数几个中心城市及中国科学技术大学等少数大学，高端创新人才和高端科技成果高度集中在中科大等极少数高校。