后面部分剧情跟一代有联系，有兴趣弄清楚，看一代的纯剧情剪辑吧

有一章掉进云海下面，好像就是远古人的遗迹？

还有一个跟着神的半身去了异度1的世界

1第三个圣杯就是绿毛。
2分解物质重新投入循环是云海的功能，云海没了就不分解，直接变大地了。
3神造云海是为了演化新的物种，看世界会不会重蹈覆辙，他最后实现愿望了，就把云海撤了，让人们重归大地。
4远古文明就是莫尔斯之地的遗迹
5神是旧世界空间站的一个研究员，因为和相好的打开了gate获得了权限，一半分到了xb1的世界，一半留在了地球（Xb2世界）

百度一下你就知道，非要在这问

你这问题都比较复杂，我挨个回答，能想到啥说啥吧
首先第一条
三个天之圣杯，第三个，当年跟着神的另一半身体去了平行世界，就是XB1那边成了一个叫阿尔维斯的人，而且gaygay的，也就是XB1男主手里那个monado

2.阿鲁斯都有自己的思想。爷爷自己也说过，像他一样能说话的阿鲁斯其实特别罕见。下面我说的都是表面意思，不是指代：神其实就是个程序员，阿鲁斯本质上是纳米机器人构筑的大型生命体，这些机器人都是由神编写的程序自动运行的，程序要求阿鲁斯死后变成核心，但是故事最后，神把程序改写了，要求纳米机器人把阿鲁斯重新构筑成大地。这其实是个软件科学方面的东西。

3.云海就是由纳米机器人构成的，全部听从神的控制。反正就是岳父非常寂寞，女婿来串门，他就捉弄了女婿一下，逗得很开心，看女婿很能打，觉得女儿托付给他很安心，所以大手一挥，纳米机器人就散了，云海就没了

4.远古地球人打太空战争，各种大规模杀伤力武器挨个用了一遍，把地球打废了，没法住人了。于是分成两批人，一批人决定坐宇宙飞船走，并在外面找到个星系定居了，这些人成了前作异度传说里的人类祖先；留守的一批人，以神为代表，利用纳米机器人来改良地球恶劣的环境，逐渐转好可以住人了，这就是莱克斯这批人类的祖先。

5.人类为什么会寿终？因为细胞分裂固定次数后就会开始衰败并停止分裂。久而久之，细胞衰老的越来越多和严重，人就老了，就会死。如果用纳米机器人强制修复自己衰老的细胞，就可以延长寿命，但是如果时间太长，机器人修不过来了，还是要死滴……别觉得扯，异度装甲里，女主都断胳膊断腿开肠破肚了，扔进培养皿，倒入纳米机器人，设定修复指令，一个完好的大活人出来了……XB2在扯淡这个事上算是比较克制的了……

另一个圣杯是一代的故事了，而且一代二代是同一时间线，最后出现新大陆不止是二代的世界，而是一代二代两个世界融合了。
远古地球毁灭了，地球人逃离了地球去了宇宙，但一部分人又回到了地球，这就是xb2里的人类先祖。
云海和巨神兽都是神创造的，他想什么时候消失就什么时候消失和二代主角没关系雷克斯就是一打酱油的，神是在等一代主角杀了另一个半身，两个世界融合成为乐园。

第三个圣杯在异度之刃1