晚年在1544年法兰西斯一世与查理五世签署《克莱毕和约》(Peace of Crépy)后,多利亚希望能安度余生。然而,由于他所坐享的巨额财富和大权,同时缘于他的侄子兼继承人吉安尼汀诺(Giannettino)•多利亚的嚣张气焰,致使他四处树敌,(最终)费斯齐(家族)的一场推翻多利亚家族(对热那亚)统治的阴谋于1547年发酵了。吉安尼汀诺(虽)被杀,阴谋家们却败北了,由此多利亚对他们进行了有力的报复,包括惩罚他们及兼并他们的采邑。同时他也被卷入了针对费斯齐的支持者、帕尔玛(Parma)及皮亚琴察(Piacenza)公爵皮埃尔•路易吉•法尼斯(Pier Luigi Farnese)的谋杀。其他阴谋也接踵而至,但全都失败了,其中最严重的一起是由裘力奥•塞柏(Giulio Cybo)制造的(1548)。尽管多利亚是个残酷刻薄的野心家,但他同样是一名爱国者,成功挫败了查理五世在热那亚修筑要塞并派驻西班牙军队的企图。讨好与威吓都不能成功将他收买。高龄并没有减少他的干劲,在84岁时,他于1550年再次出海对抗巴巴里海盗,虽然并未取得太大成功。1552年由图尔古特·雷斯(Turgut Reis)指挥的奥斯曼舰队于蓬扎(Ponza)海战(1552)中击败了安德烈亚·多利亚指挥下的皇帝的西班牙-意大利联合舰队。法国与(神圣罗马)帝国重燃战火,法兰西人在入侵科西嘉(1553)的行动中掌握了这座岛,(岛)随后由热那亚的圣乔治商会(Bank of Saint George)接管。多利亚再次应征入伍,他在风云变幻的科西嘉岛上与法国人进行了为期两年(1553~1555)的斗争。他于1555年彻底回到了热那亚,(那时)他开始年老体衰,(于是)他将舰队的指挥权交予侄孙乔瓦尼(Giovanni)·安德烈亚·多利亚,也就是吉安尼汀诺·多利亚之子。乔瓦尼对的黎波里(Tripoli)进行了讨伐,然而事实证明那比他的伯祖父针对阿尔及尔的攻略还要差劲,他在德耶拔(Djerba)海战中被比亚尔帕夏(Piyale Pasha)及图尔古特·雷斯的土耳其舰队击溃后公然逃窜。多利亚-潘菲利-兰迪(Doria-Pamphili-Landi)家族乃是乔瓦尼·安德烈亚·多利亚的后裔并且继承了他的梅尔菲伯爵(Prince of Melfi)的爵位。