①舞子发现春美没有去她的房间，于是想限制千奈美的行动，就自己召唤了千奈美。但是这种情况下舞子召唤千奈美和春美召唤千奈美并没有区别啊，千奈美还是出现了，还是去杀真宵了啊。要限制千奈美的行动的话，舞子只需要把自己关起来然后召唤千奈美不就行了。这样千奈美什么都干不了。
②法庭上成步堂推理到千奈美现在使用的是真宵的身体的时候，千奈美为什么不直接自杀（攻击这个身体）而是乖乖听成叔的让她滚她真就滚了？
③神乃木为什么一定要杀舞子。他明明知道那是舞子或者春美，并不是千奈美，为什么要下杀手，明明只需要制服就可以了。
④纪美子的原计划是让春美召唤千奈美，然后杀死真宵，并嫁祸给凌美。但是比基尼回叶樱院是个意外，如果没有这个意外的话，比基尼应该是留在真宵身边的，这种情况怎么杀？难道纪美子的原计划是让千奈美一次杀俩？

⑤中庭一片漆黑，真宵看见了神乃木脸上的面具。那神乃木是怎么看见真宵和千奈美的？千奈美又是怎么看见真宵的？

其实比起这些，以下更值得关注
1、凌美作为计划中的背锅侠，本身并没有报警自首，如果没有被比基尼发现，那么她打算怎么办？
2、凌美明明知道整个计划，为什么要把退魔头巾给成步堂？毕竟计划中要被杀的是掌门，而成步堂毫无疑问和掌门不沾边，要送也应该送真宵吧？还是说成步堂原本也是被杀者名单之一，凌美为了保护成步堂故意让成步堂戴上头巾？
3、按照神乃木的计划，真凶器和假凶器都在叶樱院，如果不是因为矢张那一张画嫌疑根本飞不到里院，那么到时候嫌疑还是要由叶樱院的人来承担，神乃木根本无法让嫌疑飞向自己。还是说矢张也是神乃木计划的一环？

楼主，你这些疑点都按你说的是挺合理的，但案件不直接没了吗？这游戏是先想好结果再去丰富过程的，为了达成这样的结果，必然要有某些貌似不合理的过程。
1，舞子召唤也可能只是确认春美是不是已经召唤到千奈美了。封闭的环境当时情况紧急不好找也有可能。
2，确实，千奈美当时可以自杀，真自杀了，结局怎么圆？
3，最后神乃木也说了，自己看到被千奈美附身的人，知道她不是真正的千奈美，但仍然想向夺走他一切的女人复仇，所以捅了一刀。问题还是如果真制服了，那没人死，案子怎么发生呢？
4，千奈美又不是笨蛋，随便找个借口支开一会比基尼就是了。就算当着面杀了真宵，比基尼又不知道是计划里是春美灵媒，只知道是绫美杀人了。千奈美只要在没人的地方再离开春美就不会怀疑到春美了

1的怀疑合理，5楼的解释也合理，补充一下，舞子可能想主动除灵，但千奈美怨念太强（当然，在3代的设定中，灵媒师灵媒中是没意识的）
2法庭上千奈美赤手空拳拿什么自杀？何况还有3个人5只眼睛盯着（别跟我提现实中不存在的咬舌自尽）
4就是想让比基尼看到啊，比基尼那副老骨头有什么能力阻止？尤其是在冬天
5戈德眼镜是发红光的，里边应该有红外线夜视功能。

我理解是这样的：
1.舞子可能不确定春美是否进行了灵媒，或者本来一开始就打算代替春美参与这一活动。
2.我觉得很大可能是不能自杀，先不说那么多法警，而且当时千奈美幽灵的心理防线也崩了。
题外话：其实我觉得灵媒师按理说也是有防止幽灵对自身做伤害的办法的。
3.舞子是最好准备送死的（我觉得她可能本就打算代替春美了），至于姐夫，大概也是怀着纠结的心态捅的吧。。。毕竟千奈美是他大仇人。
4.我觉得目的就是让婆婆亲眼看见绫美杀人，毕竟她老胳膊老腿了，打不动的。

不论是计划中的哪一个人首要考虑的是保护春美。真宵是春美最重视的人，一旦春美在不知情的情况下召唤千奈美伤害了真宵她会痛苦一辈子。所以舞子在发现春美没来的情况下只能选择自己先召唤，最起码回避掉让春美亲手杀人的可能性。
绫美送头巾这事纯粹撒糖了吧。对她来说在场最有感情的人除了比基尼就是成步堂了。
用理性思维你推的这些都没问题，但是身在其中的人哪一个举动不是感性呢？想想MOSS说过什么，要人类保持绝对的理性是不可能的

客观的说3-5这一段确实是有BUG的，舞子的**较的牵强，你召唤了千奈美又控制不住她有啥意义…更不提既然早就知道这个计划了，为啥不干脆吧计划书调包弄成个其他普通的事情…纪美子难不成还能重写一份吗……而且如果刚开始只是想着不让春美召唤其实是没意义的……毕竟想杀掉真宵不是非要在叶樱院的，直接让春美与真宵一起的时候灵媒千奈美就可以把真宵干掉了…只要春美一直不知道她妈的想法和千奈美到底是谁…那么千奈美想搞事就是防不胜防的…至于3-5最后虽然千奈美升天了，但是不是就不能再召唤出来了也没个确定说法。
至于姐夫捅那刀，游戏里倒是说了，姐夫本来也是从地狱回来的男人，千奈美害得他身死人残，死去的这段时间又失去了自己的最爱，在那个夜晚又看到千奈美的时候，那一瞬间他的内心到底是想保护真宵还是报仇，都说不清了，所以从另一个方面来说他也确实是杀人凶手。
另外，真心希望能再看到千奈美出来搞事，也真心希望再看到绫美，当年3-5最后绫美喊阿龙以及两人互诉衷肠的那段，真的是甜到心里去了……

这么大个事情丸步堂事先都不知道，体现出了神乃木自负自大的一面，当时杀死舞子是完全是因为恨意冲昏了头脑吧，背后偷袭完全可以打晕

我来说下我的看法：
①虽然灵媒的设定不太完善，但是护士的案子里真宵说过，发生恶灵杀人，是灵媒师修行不足，所以推测灵媒师可以一定程度限制恶灵的行动。这么看来舞子也许是有自信可以限制千奈美，但是没想到千奈美的恶灵超出了可控范围。
②法庭上自杀是很困难的，除非提前藏了什么东西在身上。千奈美绝对没做过自杀的准备，法庭上不可能临时找到自杀的用具。嚼舌是没科学依据的，舌头烂了医院都救的回来，撞墙的话，法警可不是干看着的。

③神乃木属于激情杀人，面对仇人没控制住复仇欲望，虽然知道不是本人，还是捅了刀子。再说舞子和神乃木谋划时是表示过不惜一切代价保护女儿的。

④计划里就是要当着比基尼的面杀了真宵，比基尼离开才是预期外的，所有后面绫美才需要做个假的目击。
⑤当时里院是有灯的，但是这个灯很暗，只能照到很近的距离。真宵和通灵的千奈美在灯附近，互相可以看见身形的程度，神乃木是远处过来的，真宵昏倒前只看到了面具的光。

逆转裁判有讲过世界观：被灵媒的人不能通过自杀去伤害灵媒师

整个悲剧事件要说是谁的错的话那就肯定是真凶歌德的锅。
梳理一下：贵美子和千奈美的计划其实很简单-借春美的身让千奈美杀了真宵。
.......由于真霄和成步堂一直在一起，不容易下手，就让春美提议去修炼，那边有彩芽接应。按计划，真霄和比基尼去修炼，成步堂就不能碍事。被千奈美附身的春美当着比基尼的面在内院击杀真霄，嫁祸给彩芽（这部分应该是千奈美的主意，她要向背叛自己的双胞胎妹妹复仇）。
.......虽然是个乱七八糟的计划，但真的差一点得逞了。表面上歌德破坏了这一计划拯救了真霄，实际上却制造了多个悲剧。他和春美是同步得知了这个计划，当然春美自己不理解是要去杀真霄。所以真正合理直接的办法就是找春美说明，当然春美不会信任歌德。那么就如他自己所说如果真的只是想要救真霄那么就应该直接跟成步堂联系，成步堂和真霄只需要跟春美说明情况就行了，悲剧就不会发生。然而他的目的其实很复杂，死而复生后仇人和爱人都死了，他还能靠什么支撑一个残破的身躯活下去？他恨成步堂没保护好千寻，其实他内心最恨的是自己，只是他不清楚自己将这种自责转移到了成步堂身上。所以他不信任成步堂，决定私下处理，联系了舞子和彩芽。
.......问题出在歌德自己的内心混乱目的不清，他除了救真霄心中还隐藏着三个目的：1打败成步堂2自我惩罚3向千奈美复仇。到最后歌德才看清自己，发现他的混乱才是祸根（庭审最后歌德的自白说的很清楚）。
.......歌德实际的计划是：他自己暗中在真霄身边保护，舞子负责控制住春美，彩芽其实是个中立棋子，只要让她不倒向千奈美就行。然后舞子没能控制住春美，情急之下她立即决定召唤千奈美（第二部重逢逆转就提到降灵出现凶杀这属于灵媒自己不成熟，反推成熟的降灵者是能压制死灵做出恶事的）。所以舞子这步棋是想用自己的能力和千奈美的恶念作对抗，这是情急之下她能做出应急手段，当然她失败了。于是歌德成了最后的保险，导致他杀死了舞子。其实歌德有没有能力不杀人的情况下救下真霄呢？这点不好说，毕竟他拿刀偷袭都差点被反杀，我们就不去猜想没发生的事。真正发生的是歌德在那一刻心里是有着强烈对千奈美复仇欲望的，虽然庭审最后他自己才意识到这点。舞子死后，那么春美就还有可能再次召唤千奈美，这时候歌德不去时刻守护真霄反而跑去处理现场，只能说明一点歌德不清楚灵媒特性，他很可能以为降灵后的死人能被再次杀死，这也反过来解释他为什么要下死手，他以为那样就能复仇。这时候要不是千寻让真霄立马召唤千奈美，可能春美就已经杀死真霄了。
.......歌德处理现场也很奇怪，他要保护真霄那只需要自己认罪就行，说他要保护自己那在庭审后期千奈美回地狱之后就不应该再继续审理下去（当时审判长都要宣判了，是他自己要继续的）。所以他当时抛下真霄把整个案件搞这么复杂是他表意识要跟成步堂作对，潜意识实在自我惩罚，更像一种考验，他真正的目的是希望成步堂能打败自己，这在庭审最后歌德的自白说的很清楚他也因此获得了救赎。但当时正是这个矛盾的思想造成了另一个悲剧：害彩芽担负亵渎尸体和共犯的罪名。
.......归根结底是歌德的混乱内心导致了舞子的死和彩芽担罪。PS：其实真要绕过成步堂防止悲剧，歌德只需要和舞子合作，提前将舞子控制住然后舞子召唤千奈美拖过时间就万无一失。我想问题在于知道这个灵媒特性的舞子没想到这种方案，自然也没把灵媒特性给能想出这种方案的歌德说明。这个看似完美的方案不过是掌握全部咨询的玩家上帝视角。
最后来回答楼主的5个问题（虽然上面基本已经有答案了）：
1、舞子和歌德显然缺乏信息共享，两者与其说是合作不如说是在各自行动。在第二部护士案中我们已知灵媒某种意义上可以压制住恶灵，舞子在情急之下她只能想到这个方案。（缺乏信息共享是逆转系列的特性，在一个被告和律师私下都交流不清楚的游戏里，这种事比比皆是，造成无数悲剧。ps：日本人就很喜欢这种剧情）
2、千奈美看似是第三部的大魔王，其实她并特别不聪明。在成步堂指出来之前她是真的不知道召唤她的是谁。知道之后也太晚了，在被告席是没法自杀的。要知道被告席旁边都是站着法警的还是两个，不过游戏里为了不碍事没画出来而已。这次她可没有准备能神不知鬼不觉自杀的毒药。
3、歌德有没有可能不杀制服千奈美，可能性很小，但是有这个可能性。但他也确实抱着复仇的杀心。
4、贵美子和千奈美原计划就是要比基尼当目击者嫁祸给彩芽，千奈美本来就恨彩芽。
5、黑暗之中真霄和千奈美都看不怎么清，真霄当时实际上也不知道谁要杀她，只是感知到有打斗。根据证言当时的能见度只能看到身影，真霄是通过红光判断是歌德。而千奈美也确实没看清具体情况，证言中可以得知她最初以为还自己已经击杀了真霄，歌德背刺和她的反击她都以为是和真霄之间发生的。至于歌德，他脸上那玩意能夜视我会意外？其实就他那个偷袭都差点被反杀的尿性纠结他看不看得清已经不重要了。