“颜色”和光的频率相关，而且人对颜色的解读是自动的，频率本身才是靠人的主观推理得出的，物质本身含有“可被解读出颜色”这个属性，所以颜色有其客观性。

不错。解读属于主观，同一个事物，不同的人解读就不一样。但那个事物在客观存在，具有怎样的质量重量怎样的材质构成，怎样在某种条件（例如高温或者低温）下就会有怎样的变化，这些都不会因为不同的解读而变来变去。
例如气味只是某种分子的形成和飘散，有人觉得香有人觉得臭，当时分子并没有变化。只是闻到的人以自己的解读来形成自己的感觉，并不能改变气味分子的构成成分。

主观与客观，是相互的关系，彼此不能离开，物质并没有一定的形状，我们看见的是由很多动态变化的分子或原子纠缠在一起的连续体。他们并没有颜色，只是反射或是辐射出不同频率的光。

楼主举的例子是有问题的。人与外界的关系，本质上是种“刺激－反应”关系，光波折射进眼睛被大脑分析，这是个被动的事情，不是“主动”，因此这里不能用“主观”一词。最基本的接收外界刺激，不是我们说的主观动作，不应该属于有意识的行为。

物质是客观的，人类对物质的解读确实是主观的，以便于人类理解的。
不过人类追求的科学比宗教要客观得多，宗教对物质世界的认知更主观。