第六幕：课堂
瑞恩·威尔森（Rainn Wilson）扮演的萨姆的教授正在上课，萨姆打开书开始速读，然后又出现了幻觉，发癫的他冲上讲台画上奇怪符号，发表了很多高论，如爱因斯坦是错的、宇宙是如何形成的等等，最后他被赶出课堂，跑到图书馆里看一本他祖父的书。
第七幕：太空
威震天变成赛伯坦星球飞机的形态离开地球，前往另一个星球（可能是火星）。他在那里见到了正在等他的红蜘蛛（Starscream）还有堕落金刚。和堕落金刚在一起威震天也只能俯首称臣，它们俩的关系类似“星战”里的西斯大帝和黑武士达斯维达。堕落金刚说有办法再造一个魔方，威震天说魔方已经被摧毁了，堕落金刚反问他一句“你不是也一样吗”。堕落金刚告诉威震天，萨姆知道那个埋藏“领导模块”的地点，并要他们立刻找到他。威震天想拥有“Primes”们的力量，堕落金刚许诺会满足他，于是15个霸天虎出发跟着威震天和红蜘蛛前往地球，而此时萨姆早已在霸天虎的监视之下。
第八幕：米凯拉的摩托车行
　　米凯拉发现了老在周围晃悠的转轮，转轮供认说堕落金刚命令他获取藏在碎片里的知识，米凯拉把转轮关了起来，带着他去找萨姆。
　　第九幕：萨姆的大学
　　爱丽丝在萨姆的寝室，把萨姆逼近了墙角，正要亲他时米凯拉赶到了。在走廊里的里奥在电视里看到了一个机器人和爱丽丝长得一样，原来爱丽丝是受霸天虎操控的、来自迪士尼乐园的人形机器人。经过一番争斗，萨姆、米凯拉、里奥坐上车，逃离了宿舍。在这种紧张气氛下，里奥还不忘打哈哈，问萨姆是不是从未来被派来拯救他自己的（《终结者》笑话），正说笑间米凯拉开车猛撞到了电线杆，“吻别"爱丽丝,从她身上轧了过去。然而他们还没来得及庆幸就被一架霸天虎的直升机机器人抓住了。
第十幕：工厂
红蜘蛛把萨姆他们的车劈成了两半，威震天对萨姆说：“还记得我么？我可记得你。”然后他们开始折磨萨姆，蛛形机器人“医生”用一把钢锯从萨姆脑子里获取情报。就在此时擎天柱和大黄蜂及时赶到，救下了萨姆他们，然后开打，一直打到工厂外面的树林里。擎天柱问威震天堕落金刚是谁，威震天说他来了你就知道了。擎天柱一人和3个霸天虎大战，最后被威震天从背后刺杀，铁皮、救护车和双胞胎机器人赶到后，霸天虎才离开。
　　这场大战后，汽车人把萨姆屏蔽了起来，霸天虎们再也找不到他了，于是他们求助于声波，声波以威震天的名义给每个地球人广播了一条消息，把变形金刚的事情公之于众，威胁人类说如果他们在一个太阳周期内不能找出那个男孩，霸天虎就一个接一个的摧毁城市。萨姆的父母正好在巴黎度假，看到这个后惊慌失措。
第十一幕：NEST总部
擎天柱死了，国家安全协会也解散了NEST组织。萨姆感到了自责，他后悔当初没有答应擎天柱的请求。他仍然被那些奇怪符号的幻觉所困扰，他写下了那些符号，双胞胎机器人认出那是“Primes”们的语言，而里奥也说他在“机器战士”的网站上看到过这样的字符。于是他们去找“机器战士”，没想到他就是西蒙斯（Simmons）——第一集的特工，现在在他母亲的熟食店帮工。西蒙斯告诉他们，其实变形金刚很早以前就来到地球了，并带他们到地下室看资料萨姆说威震天坚信地球上有另外的能量来源，汽车人们都无能为力，因为这对他们来说也太古老了，米凯拉突然想起自己抓住的霸天虎转轮，于是决定从他嘴里探取情报。转轮告诉他们地球上有一些古老的变形金刚叫做“Seekers”（寻找者），但不清楚他们在寻找什么，只知道他们既不是汽车人也不是霸天虎，转轮定位了10个“Seekers”，最近的一个在华盛顿特区。。（这一节较搞笑）
第十二章：华盛顿特区


　　他们用尽各种搞笑的方法进入博物馆内。原来那个在华盛顿的“Seekers”就是天火（Jetfire），他变成一架飞机呆在博物馆里。天火就像一位健忘的老人，他不记得自己在哪里、也不记得自己要找什么了。萨姆他们答应天火，如果他帮助他们，他们也会帮他恢复记忆。天火得知战争还在继续非常失望，萨姆提到堕落金刚，触发了天火的记忆。
　　萨姆画出那些符号，经天火翻译后发现，那些是指示方位的。于是天火打开了一个虫洞，把大家都送到了埃及。天火介绍了堕落金刚以及吸取太阳能量装置的历史，他说只有“Prime”的后人才能击败堕落金刚，而擎天柱正好是“Prime”的最后传人，当初堕落金刚为了找出还是孤儿的他不惜在赛伯坦星球上发动战争。萨姆问“领导模块”能不能救活擎天柱，天火说应该可以。
第十三幕：埃及
西蒙斯（Simmons）给军方的朋友Lennox发去信息，要他把擎天柱运到埃及来，Lennox答应了，还派了一支舰队前来协助。不过此时眼观四路、耳听八方的声波已经知道萨姆的位置了。萨姆和米凯拉坐在星空下谈话，突然悟出“领导模块”就藏在墓中！不过他们在墓里什么也没发现，直到双胞胎打架意外地在墙上砸了一个洞，他们才看到藏在墙后的领导模块！萨姆去够模块，模块一接触到空气就成为粉末，萨姆从地上捡起模块，放到袜子里，准备去救活擎天柱。
　　军舰和霸天虎几乎同时抵达，声波切断了周围的通讯，给军舰指挥官错误的指令，让他们坐在那里白白的等。萨姆和米凯拉奔向擎天柱，途中遭到红蜘蛛攻击。这时堕落金刚出现了，他把自己传送到了金字塔塔顶。另一方面，海军也觉察到不对劲，于是派出侦察飞机。
　　建造派合体成为大力神。威震天说他已经为堕落金刚找到了那个吸取太阳能量制造能量块（Energon）的装置，堕落金刚向他要领导模块，因为没有它装置无法启动。大力神爬上金字塔，摧毁金字塔，露出了里面的装置。西蒙斯意识到这就是那个吸取太阳能量的装置，他用手机和军舰取得联系，叫他们准备好作战，后者此时才知道自己被声波耍了。
　　萨姆费好不容易来到擎天柱身边，却昏了过去，昏迷中他见到了“Primes”，他们跟他说了一堆命运之类的话后，把领导模块交给了他。萨姆醒来后发现领导模块（矩阵）已经重组，变成了一把短匕首状的东西（预告片里萨姆从地上捡起来的那个）。萨姆赶紧把模块插入擎天柱胸膛，擎天柱复活了，但很虚弱。堕落金刚把自己传送过来，抢走了模块，回到金字塔顶。天火意识到他必须牺牲自己来帮助擎天柱，他贡献出了自己的火种，安然去世，然后救护车也来帮助修理，最终擎天柱与天火合体，焕然一新、重装上阵。
　　威震天、红蜘蛛、堕落金刚都在金字塔顶，西蒙斯指挥舰队向大力神开炮，把大力神又打散了。能量块装置启动了，擎天柱及时赶到，把装置偏转了方向，击中了威震天和红蜘蛛。堕落金刚自称是“Prime”，擎天柱说他当初杀害自己弟兄们的时候就已经抛弃了自己的名字。擎天柱摧毁了装置，用碎片砸向堕落金刚，威震天和红蜘蛛则趁他们打作一团时偷偷溜走了。
　　得到天火的力量的擎天柱与堕落金刚大战，但堕落金刚不敌擎天柱，最后被擎天柱解决。

爱你无处不在
（I got you a couple of souveniers）
你还是不肯说出你爱我
（you still can't even tell me that you love me.）
经历了这一切你才想说你爱我吗
（You took all of this for you to tell me that you love me.）

1

2

3

4

5