宗室贵族的实力更为强大，但大臣们的能量也不容小视，没有一方能取得绝对优势。双方剑拔弩张，随时可能爆发内战。为避免出现流血内讧，多尔衮选择了一个折中方案：自己不继位，也不让豪格继位，而是让皇太极最小的儿子，年仅五岁的福临继位，自己担任摄政王。这样既满足了大臣们让皇太极后人继位的要求，实权又可以掌握在以他为代表的宗室贵族手中。
这是一个非常富有政治智慧的妥协，它确保了满洲高层内部团结，为清廷夺取天下奠定了良好的政治基础。福临（顺治皇帝）继位不到一年，就传来了李自成大军攻破北京的消息，清军遂在多尔衮的统一号令下入关，参与中原争霸。
随着清军连战连捷，统一中国的势头越来越明显，多尔衮的威望和权势也跟着迅速提高。他先让皇帝管自己叫“皇叔父摄政王”，然后又改成“皇父摄政王”，俨然成了皇帝他爹，以至于有人根据“皇父”这个称呼认为多尔衮跟福临的母亲孝庄太后有一腿。[3]顺治五年，多尔衮发动政治冤狱，以阴谋篡位的罪名将豪格幽禁而死，索尼和鳌拜都被判处死刑，然后免死降职降爵。
如果清军最终统一中国，多尔衮以此巨大的功勋勒令福临让位，自己当皇帝，完全可行。从很多迹象来看，他也在为此积极准备：所用的仪仗全都跟皇帝一样，其命令未经皇帝签字盖章就可以直接称圣旨，还把自己已去世的生母追封为皇后。
顺治七年的时候，多尔衮在一次到塞外狩猎游乐的过程中，意外从马背上掉下来摔死。这样，潜在的政治危机结束，顺治皇帝开始掌握实权，并清算多尔衮，公布他的十四条罪状，然后掘墓鞭尸，褫夺一切尊号。
顺治皇帝在二十四岁的时候感染了天花，这是满洲人进入中原地区以后遇到的一种可怕而常见的传染病，死亡率非常高。皇帝本人也未能幸免于难，从发病到死亡只有五天时间。临死前，顺治指定由七岁的三皇子玄烨继位。

玄烨就是康熙皇帝，他被选中的主要原因是曾经感染过天花。当时的人们虽然不懂免疫理论，但也根据经验知道，只要得过天花而没有死的人，就会终生对天花病毒免疫。顺治的这个决定是为了保证皇位的稳定，也被大臣和宗室贵族们接受。
一直到康熙继位，清朝都没有册立过太子。胤礽是清朝第一个太子。
康熙打破惯例，在二十一岁的时候就给自己立太子，而且还是嫡长子，主要目的是为了拉拢汉族士绅，做出一个正儿八经当中国人皇帝的样子。
1667年是三藩之乱的第三年，清军和吴三桂在湖南对峙，双方胜负尚未可知，很多势力都在骑墙观望。清廷急需加强跟接受清政权统治的汉族士绅搞好关系，用今天的话来说就要是做好统战工作，稳住他们不要跟随吴三桂造反。特别是满洲八旗战斗力下降的现象非常突出，明清换代时期一起打天下的汉族将领大多老病不堪，还有很多跟着吴三桂叛乱了，康熙不得不大量提拔任用一大批年轻的汉族将领。这一批新人手上没有屠杀汉人的“血债”。用黑道的规矩来说，就是没有“投名状”。要确保他们的忠诚度，康熙就必须得做出一副自己是不分满汉的“天下共主”的姿态出来，不仅是满洲人的大汗，还是全中国的皇帝。
康熙在这方面下的功夫很足。立太子，而且按照汉人的嫡法立嫡长子，就是这一套统战大戏中的一个方略。清史专家姚念慈在《康熙盛世与帝王心术》一书中认为：“正是在三藩之乱期间，清廷标榜汉化、满汉一体的做法才逐步进入高潮”。立太子后两年，康熙又设立南书房，延请汉族名儒给他讲解经史子集，担当政治顾问。年底，又颁下自己亲自撰写的《御制日讲四书解义序》，展示在学习儒学方面的心得体会。
《御制日讲四书解义序》是一篇纲领性的政治文件，康熙借此向全天下宣布：清朝将遵从理学道统，并将皇位的合法性来源归结为道统。开篇第一句就是：
“天生圣贤作君作师，万世道统之所传，即万世治统之所系也。”
然后，康熙按照理学思想回顾了孔孟之道与君王治理天下的关系，说明“道统在是，治统亦在是”，而自己的政治责任就是“进于唐虞三代文明之盛”。为自己树立了一个忠于理学理想的圣君形象。
1670年，三藩之乱的第六年，吴三桂刚刚在湖南称帝，康熙就立马搞了一个“博学鸿儒科”，网罗和拉拢汉族士绅中的文化名人。
“博学鸿儒科”这个名头是康熙自己想出来的。有两个典故，一个是唐明皇李隆基搞过“博学鸿词科”，在已经考取进士的人里边，再由皇帝亲自挑选一批更高级的人才；第二个典故就是刘禹锡的《陋室铭》“谈笑有鸿儒，往来无白丁”。把这两个典故合起来，把“鸿词”改为“鸿儒”，既表示效法唐朝，又比唐朝还要尊重士人。光是“鸿儒”这个词就足以令儒生们感到光宗耀祖，更何况是皇帝钦点。康熙可以说是把汉人知识分子的这点虚荣心研究透了。
皇帝下令各地官员推荐人才，不管有没有取得过功名，只要才学足够高，都可以推荐来参加“博学鸿儒科”的考试。黄宗羲、顾炎武、李颙、傅山等拒绝跟清廷合作的大儒名士自然全都被列入了推荐名单。黄宗羲、顾炎武直接以自杀相威胁拒绝参加，并拒见任何清廷的官员。李颙也不愿意来，康熙亲自去陕西拜见他，被拒之门外。康熙也不生气，亲笔写了一块匾额“志操高洁”送给他。傅山的经历更有趣，地方官直接把他强行装进轿子里抬到北京参加考试。他就一直躲在轿子里不出来，有王公大臣去探望，就装疯卖傻。康熙知道后，说既然进了北京，就算参加了考试，把傅山封为“内阁中书”，然后让人把他再抬回去。