1、遗传因素：肌营养不良的发病与遗传基因的突变有关。表现为基因缺失、重复和点突变，导致所编码的蛋白质不能生成或缺乏，从而引起临床上所见的肌肉萎缩、无力。
2、基因缺失：其中假肥大型肌营养不良的研究为深入，已经确定是由X染色体短臂上基因缺失所致，该基因编码为一种神经因子骨架蛋白，患儿因为该基因缺失，所以不能产生抗肌萎缩蛋白，在收缩时损伤，出现肌肉的变性、坏死，导致肌肉萎缩、无力。
3、中毒因素：家族性病例由于恶劣SOD突变可能不耐烦导致锰、铜、硅等元素，以及神经营养因子减少等均可能强烈与致病不给作用有关。
4、脊髓病变：如损伤、产伤、脊髓压迫、带状疱疹性脊髓炎和急性脊髓前角灰质炎等，损伤了大脑的神经元所致。
5、脑源性肌肉萎缩：常见大脑皮质的萎缩性病变，特别是儿童时期的大脑半球顶叶病变先天性运动区发育强或大脑半球深部(丘脑)占位性病变，炎症等，引起对侧身体相应部位的肌肉萎缩。