《明日方舟》的故事发生在一个架空世界“泰拉”中。这里有着与地球相似而又截然不同的环境，历史和文明。
这里的主要居民是带有各种动物特征的亚人类，而是否存在纯粹的“人类”，目前还不得而知。
天灾——表现为各种自然灾害的巨大灾难（如风暴、地震、陨石坠落等），是文明的大敌。在它面前，所有的事物都不堪一击。但在带来毁灭的同时，天灾也带来了源石——一种自然界能量结晶形成的神秘矿石。
源石的开发让文明进入了现代，建立起了以源石为基础的科技体系。
然而，源石开发中泄露的物质也催生了不详的矿石病患者，也就是“感染者”。他们无法被治愈，矿石会在他们身上逐渐扩散结晶，在杀死患者后进行二次扩散。
为此，感染者成为了被社会排斥的对象，没有人能告诉矿石病患者要如何生存下去，于是其中具有天赋的他们，赌上各自的未来，誓要为世界带来震颤。
1096年12月，世界上最大的感染者组织——整合运动，在乌萨斯帝国城市切尔诺伯格掀起了暴乱。他们借助一场天灾占领了该城市，并准备以此为跳板，进攻临近的城市龙门。
而同时，另一个神秘的感染者组织——罗德岛出现在了这里，即将与整合运动展开正面冲突。
明日方舟的故事，也就从这里拉开了序幕……
当然，我们的故事发生在这之前，切尔诺伯格事变三年前，未来究竟会如何呢？或许……这次没人清楚吧。