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在英国

约翰·洛克
约翰·洛克(John Locke)的《人类理解论》(1690)的出版标志着自然神论历史上的一个重大转折点。自赫伯特的理性思考以来，先天观念一直是自然神论认识论的基础。洛克在第一本书中对先天观念的著名攻击有效地摧毁了这一基础，取而代之的是基于经验的知识理论。先天自然神论被经验自然神论所取代。洛克本人并不是自然神论者。他相信奇迹和启示，他认为奇迹是启示的主要证据。
在洛克之后，建构自然神论不能再依靠先天观念来证明其基本原则，比如上帝的存在。相反，在洛克和牛顿的影响下，自然神论转向自然神学，转向基于经验和自然的论证：宇宙论和设计论。

古典自然神论的繁盛，1690-1740年
彼得·盖伊(Peter Gay)认为自然神论争论顶峰“从1690年代末，对约翰·托兰(John Toland)的《基督教并不神秘》(1696)的激烈回应引发了自然神论的辩论，到18世纪40年代末，当对科尼尔斯·米德尔顿(Conyers Middleton)自由探究的温和回应标志着它的终结。”在这些著名的人物中，他把托兰和马修·丁达尔(Matthew Tindal)描述为最有名的，但作为有才华的公关人员，而不是哲学家或学者。他认为米德尔顿和安东尼·柯林斯(Anthony Collins)对辩论的实质贡献更大；与托马斯•丘布(Thomas Chubb)和托马斯•伍尔斯顿(Thomas Woolston)等边缘作家形成鲜明对比。
在此期间，英国其他杰出的自然神论者包括威廉·沃拉斯特森(William Wollastson)、查尔斯·布朗特(Charles Blount)和博林布鲁克子爵亨利·圣约翰(Henry St John)，以及后期的彼得·安内特(Peter Annet)、托马斯·丘布(Thomas Chubb)和托马斯·摩根(Thomas Morgan)。
沙夫茨伯里第三代伯爵(Third Earl of Shaftesbury)安东尼·阿什利-库珀(Anthony Ashley-Cooper)也很有影响力。尽管他没有把自己描绘成自然神论者，但他与他们有许多共同的关键态度，现在人们通常也这么认为。

马修·廷德尔

约翰·托兰

在欧洲大陆
英国自然神论，用彼得·盖伊的话来说，“传播得很好……随着自然神论在英国的衰落，它在法国和德国各州兴盛起来。”
法国在蒙田(Montaigne)、贝勒(Bayle)和孟德斯鸠(Montesquieu)的作品中有着自己的宗教怀疑主义和自然神学传统。法国自然神论者中最著名的是伏尔泰(Voltaire)，他在1726年开始对英国为期两年的访问期间，对牛顿科学产生了兴趣，并加强了自然神论的倾向。

伏尔泰
法国自然神论者还包括罗伯斯庇尔(Robespierre)和卢梭(Rousseau)。在法国大革命期间的很短一段时间里，对最高存在的崇拜是法国的国教。
康德(Immanuel Kant)对自然神论的认同是有争议的。支持康德为自然神论者的论据是艾伦·伍德在《康德的宗教哲学再思考》(P. Rossi and M. Wreen，合编)中的“康德的自然神论”(Bloomington: Indiana University Press, 1991)；斯蒂芬·帕姆奎斯特(Stephen Palmquist)的“康德的有神论解决方案”(Kant's Theistic Solution)是反对康德自然神论的论据之一。

康德

在美国
在美国，启蒙哲学(其本身深受自然神论理想的启发)在创立宗教自由原则方面发挥了重要作用，这一原则体现在托马斯·杰斐逊的书信中，并被写入美国宪法第一修正案。美国的开国元勋，或宪法的制定者，其中尤以受到这种哲学影响而闻名，包括托马斯·杰斐逊、本杰明·富兰克林、科尼利厄斯·哈尼特(Cornelius Harnett)、古弗莱纳·莫里斯(Gouverneur Morris)和休·威廉姆森(Hugh Williamson)。他们的政治演说显示出明显的自然神论影响。
其他著名的开国元勋可能更直接地信奉自然神论。这些人包括詹姆斯·麦迪逊，可能还有亚历山大·汉密尔顿、伊森·艾伦和托马斯·潘恩(托马斯·潘恩出版了《理性时代》，这是一本在美国和欧洲普及自然神论的专著)。

托马斯·潘恩

《理性时代》
与许多针对受过教育的精英的自然神论小册子不同，潘恩的论文明确地吸引了普通人，使用了劳动阶级熟悉的直接语言。自然神论在美国的普通民众中有多普遍是一个持续争论的问题。
主要贡献者之一是帕默(Elihu Palmer)(1764-1806)，他在《自然原理》(Principles of Nature)(1801)中撰写了美国自然神论的“圣经”，并试图通过组建“纽约的自然神论社会”(Deistical Society of New York)和其他从缅因州到佐治亚州的自然神论社会来组织自然神论。

《自然原理》
在美国，对于开国元勋是基督徒、自然神论者还是介于两者之间的人存在争议。关于本杰明·富兰克林、托马斯·杰斐逊和乔治·华盛顿信仰的辩论尤为激烈。
本杰明·富兰克林在他的自传中写道，
“一些反对自然神论的书落到我手里;据说这就是波义耳在演讲中所讲的内容。碰巧，他们对我产生的影响与他们的意图完全相反。因为在我看来，那些被引来要反驳的自然神论者的论据，要比反驳的论据有力得多;简而言之，我很快就变成了一个彻底的自然神论者。我的论点歪曲了其他一些人，尤其是柯林斯和拉尔夫;但是后来他们每个人都毫不内疚地把我看错了，回想起基思对我的态度(他也是一个自由思想家)，回想起我对弗农和里德小姐的态度，这有时给我带来很大的麻烦。我开始怀疑，尽管这可能是真的，但这种学说并没有多大用处。”
富兰克林还写道:“神有时会因他特殊的天意而加以干涉，把自然过程中或人的自由活动所产生的事件搁置一旁。”后来，他在制宪会议上说，“我活得越久，就越能证明这个真理——上帝统治人类的事务。”
托马斯·杰斐逊(Thomas Jefferson)或许是最直言不讳地表达自然神论倾向的开国元勋之一，尽管他并不自称为自然神论者，通常称自己为一神论者。特别是，他对圣经福音书的处理，即他命名为拿撒勒的耶稣的生活和道德，但后来成为更广为人知的杰弗逊圣经，显示出强烈的自然神论倾向，剥离所有超自然和教条的参考从基督的故事。然而，弗雷泽以西德尼·阿斯特罗姆(Sydney Ahlstrom)为榜样，认为杰斐逊不是自然神论者，而是“有神论的理性主义者”，因为杰斐逊相信上帝在人类事务中的持续活动。弗雷泽引用了杰斐逊关于弗吉尼亚州的笔记，他在笔记中写道，“一想到上帝是公正的”，“我就发抖”，他警告说，最终会有“超自然的影响”来废除奴隶制的祸害。