大概就是说，某地的人信仰“奇迹”，这个奇迹，你可以理解为上帝。他们的宗教认为人人有罪，提倡苦修，用苦修才能赎罪。很久以前有个人，他用殉道的方式赎罪，然后他殉道的地方长出了一棵神树，人们认为这就是奇迹的展现，所以把这个人称为圣父，你可以理解为耶稣。后来又有一个女人，为了苦修，用圣父的雕像击打自己胸口，结果圣父雕像变成一把剑，把那个女人刺死了。这把剑也就成了赎罪的工具，持有这把剑的人，要通过试炼，打败游戏中那些boss，这是他苦修的方式，如果通过了这样的修行，就可能得道飞升。游戏一开始，兄弟会里人山人海的尸体，就是表明，有很多人都尝试过这种试炼，但是都死了。不过主角没死，因为主角是被奇迹选中的人，他是个挂比，他会复活。结局主角用剑自尽，就是完成了一切苦修，然后和圣父一样殉道了，之后主角身上也长出了树，表明奇迹确实选择了主角，主角是新一代的神的代言人，新的偶像，取代了圣父。

我的理解和楼上有些不同：
0、开局的面具（奇迹幼子，可能是圣王的人造神）说，他们已经听不到神的声音，暗示整个教会已经腐化并被神遗弃。但是圣王为了维护自己的统治，选择用自己的意志去代替神的意志，导致整片大地陷入神罚（苦痛奇迹），各个BOSS其实只是圣王手下的傀儡和各种伪神、恶魔；
1、默哀同道会那些人不是死于修行，他们是被圣王手下的人tu杀的。主角和他的同伴可能是世上不多还拥护真神的人，所以被圣王清洗了；
2、主角是被神的意志（苦痛奇迹）选中的人，所以可以在神圣真主无限复活；
3、主角在奇迹的见证人（捆绑男）的指引下，在梦境中见到了历代的圣人，并得到了各种圣物，去讨伐已经腐化的教会；
4、因为在讨伐教会的过程中杀业太重（罪愆如山），所以在接近灰山上的圣座时，被灰山吞噬（结局A）。但是也算是完成了自己的使命；
5、摧毁赎罪的雕像，洗刷了自己的罪过，所以可以爬上灰山，坐上圣座。最后把诞生于苦痛奇迹的剑插入体内，成为奇迹本身，被世人供奉（结局B）；
6、很多年后，当教义再次被扭曲，腐化再次降临，又有忏悔者拔出孽刃，开始新一轮的“渎神”之旅。