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1、概念不同。绿卡是一种给外国公民的永久居住许可证。入籍是国家根据外国人或无国籍人的自愿申请，经过正式手续接受其为本国人。

2、申请条件不同。以美国为例，申请人通常需要在美国有固定工作或配偶子女在美国定居。入籍的申请条件是申请人必须是该国合法永久居民五年以上。在此五年期间里，申请人至少有一半时间本人居住在美国。
3、行使权力不同。持有绿卡意味着持卡人拥有在签发国的永久居留权，但并不等于是该国公民。入了籍从法律上来讲你就是该国人了，可以享受该国的公民权。

4、降低绿卡门槛的说法。针对中国海外高层次人才引进工作迅速发展，中国绿卡门槛过高、程序复杂、适用范围小、相关待遇不够明确等问题日益突出的情况，人社部和公安部会同有关部门研究起草了赋予中国“绿卡”相关国民待遇和降低中国“绿卡”门槛的办法。而入籍没有这方面的规定。