这是不需要懂得的设定吧

参考21话，契约者似乎就是人类极致理性的演化？

这个在动画旁白中都有说哦，迷之光束贯通地球留下两道门，门内产生的粒子改变了部分人类的体质，让他们成为了契约者。
至于后面提出的这些未解之谜，为什么会又门带来这些现象，门为什么会出现，动画中没有解答。剧情里人类一直在研究门的奥秘，但是直到第二部结尾都没有真正研究出来。这些大概是设定。类似于你看一些带有克苏鲁风格的小说时，主角可能也会调查一些蹊跷的事情，但是最终的答案是不可知，因为总是有人类无法研究透彻的现象的