在运行中，反渗透膜不可避免的受到一些微量的无机物垢、胶体、微生物、金属氧化物等的污染或阻塞。这些物质沉积在膜表面上，将会越积越多，从而引起反渗透膜透过量下降和脱盐率降低。因此，为了恢复膜的透过量和脱盐性能，需要对反渗透定期地进行化学清洗。在反渗透系统表现出污染的倾向(标准化后产水量下降10~15%，标准化后产水水质下降10~15%，或者给水与浓水间的压降增加10~15%)、长时间停运之前、或按计划进行常规保养时，将需要对反渗透系统进行清洗。