物理清洗主要是依靠物理机械的冲刷及反冲洗使得膜表面和膜孔内的污染物脱落的过程。物理清洗所需设备简单，但清洗效果有限，不能彻底清除膜污染，只能作为一种维护手段。
（1）曝气清洗初期收有机物污染的膜清洗是有效的。曝气清洗是一种强化水流循环作用的物理清洗方法，曝气会形成水和空气的气泡流体，气泡尾流在膜表面产生剪切作用。气泡尾流区的体积和气泡的尺寸成正比，但企业流动呈大气泡流动时，较大气泡产生的较大尾流区更有利于抑制膜污染的发展。
大量气泡以较高速度穿过膜组件以及气体夹带的水流对膜表面的冲刷作用，使膜表面处于剧烈紊动状态，避免了凝胶层的增厚和堵塞物质的积累，可延长膜清洗周期。同时这种紊动作用还从两方面缓解了浓差极化现象，一是通过曝气提高水流速度，使其处于紊流状态，让膜表面的高浓度与主流浓度更好的混合；而是对膜表面不断进行清洗，消除已形成的凝胶层。
（2）水反洗
水反洗模式是保证浸没式膜在各种运行条件下保持zui佳透水性的最简单的方法之一。反洗是指在膜出水口施加一个反冲洗压力，将水流反向通过膜，使膜孔轻微膨胀，驱逐黏附在膜丝表面的固体颗粒。水反冲洗结束后，膜系统一般需停歇一段时间，停歇控制是反洗的一个备用选择。停歇模式下，停止产水，在此期间膜表面积累的固体颗粒将通过膜曝气被带走。
（3）超声波清洗膜
超声波清洗是利用超声波在水中引起剧烈的紊流、气穴和震动而达到去除膜污染的目的。研究表明，利用超声波清洗膜也有一定的效果，尤其对于采用一般常规清洗方法难以达到要求及几何形状比较复杂的被清洗物，超声波效果更为明显。如附着生长型MBR的污染膜表面黏性较大，常规物理清洗效果差，采用超声波清洗，能使莫通透性恢复越30%。

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