但在组建第三至第五支“民兵”3 导弹联队和建设发射阵地时，所有辅助系统设备都转入有防护的地下掩体内。当时美奉行“可控反应战略”，该战略不仅规定要运用各种规模的战略核力量，还提出首轮打击后其长期生存的必要性。这种核政策确保了美在国际冲突中的行动具有更大的灵活性，且未来能够转为奉行“灵活反应战略”。该战略规定不仅可运用战略核力量，还可运用战术核武器、非核战略和特种力量。而“民兵”3 导弹是这些方案中不可分割的最重要组成部分之一。
提高弹头防护水平 在“民兵”3导弹开始部署后，美即着手实施“尘埃防护”（Dust Hardness）改进计划，以提高弹头在核尘埃环境中的生存能力。改进包括：头部整流罩材料由铝铝合金改为钛合金；一、二级级间段铝蒙皮加厚；铝制电缆管道结构增加钛制件；在易损部位增加钛制和铝制保护板。从2002 年3 月开始实施增强安全弹头计划，旨在使用退役的“和平卫士”导弹的MK21 再入飞行器和W87核弹头，取代MK12、MK12A 再入飞行器和W62、W78 核弹头。与W78 核弹头相比，W87 核弹头使用了钝感炸药和更先进的安全装置，从而大大提高了储存运输期间的可靠性和安全 性。该弹头还具有更高的抗核爆炸杀伤能力，在各种电磁频谱范围内被发现的概率较低，瞄准精度更高以及引爆弹头有更多选择。这需要对软件、制导平台和保障设备系统进行相应的改进。美空军共采购570 套改进系统，于2006~2012年装备“民兵”3 导弹。完善系统性能，延长服役期限在“民兵”3 导弹服役的几十年中，美对弹头、制导、推进以及指挥控制等分系统实施大规模延寿改进计划，导弹本身以及作战保障系统的战技性能得到完善，作战效能大幅提高升，确保“民兵”3 导弹服役延期至2030 年。
更新制导系统 “民兵”3 原装备NS-20 制导系统，1993 年启动制导系统更换计划（GRP），研制NS-50制导系统以替代NS-20。NS-50 保留原有的惯性测量装置，主要替换20 世纪60 年代制造的制导计算机、放大器以及电子控制系统等部件，并采用新的制导系统软件。该计划于2008 年2 月完成，空军总共购买了652 套NS-50 系系统，425 枚“民兵”3 导弹制导系统得到更换。
更换推进装置 美国在1998~2009 年实施“ 民兵”3 推进系统更换计划，解决导弹推进系统老化问题。2007 年8 月，占72％的、共325 枚“民兵”3 的发动机推进剂得到更换。到2008 年中期已经完成80％。空军使用2008 财年的资金购置了最后56 套助推装置，助推装置总数达到了601 套。在《2007 财年国防授权法案》和《2007 财年国防拨款法案》中，美国会表示不会支持过早结束该项目。但在美空军2010 财年预算申请显示，2009 财年是为该项目提供资金的最后一年。“民兵”3 导弹的第一和第二级发动机更换了推进剂，替换了美环护署禁止使用的材料。
提高弹头防护水平 在“民兵”3导弹开始部署后，美即着手实施“尘埃防护”（Dust Hardness）改进计划，以提高弹头在核尘埃环境中的生存能力。改进包括：头部整流罩材料由铝铝合金改为钛合金；一、二级级间段铝蒙皮加厚；铝制电缆管道结构增加钛制件；在易损部位增加钛制和铝制保护板。从2002 年3 月开始实施增强安全弹头计划，旨在使用退役的“和平卫士”导弹的MK21 再入飞行器和W87核弹头，取代MK12、MK12A 再入飞行器和W62、W78 核弹头。与W78 核弹头相比，W87 核弹头使用了钝感炸药和更先进的安全装置，从而大大提高了储存运输期间的可靠性和安全 性。该弹头还具有更高的抗核爆炸杀伤能力，在各种电磁频谱范围内被发现的概率较低，瞄准精度更高以及引爆弹头有更多选择。这需要对软件、制导平台和保障设备系统进行相应的改进。美空军共采购570 套改进系统，于2006~2012年装备“民兵”3 导弹。完善系统性能，延长服役期限在“民兵”3 导弹服役的几十年中，美对弹头、制导、推进以及指挥控制等分系统实施大规模延寿改进计划，导弹本身以及作战保障系统的战技性能得到完善，作战效能大幅提高升，确保“民兵”3 导弹服役延期至2030 年。
更新制导系统 “民兵”3 原装备NS-20 制导系统，1993 年启动制导系统更换计划（GRP），研制NS-50制导系统以替代NS-20。NS-50 保留原有的惯性测量装置，主要替换20 世纪60 年代制造的制导计算机、放大器以及电子控制系统等部件，并采用新的制导系统软件。该计划于2008 年2 月完成，空军总共购买了652 套NS-50 系系统，425 枚“民兵”3 导弹制导系统得到更换。
更换推进装置 美国在1998~2009 年实施“ 民兵”3 推进系统更换计划，解决导弹推进系统老化问题。2007 年8 月，占72％的、共325 枚“民兵”3 的发动机推进剂得到更换。到2008 年中期已经完成80％。空军使用2008 财年的资金购置了最后56 套助推装置，助推装置总数达到了601 套。在《2007 财年国防授权法案》和《2007 财年国防拨款法案》中，美国会表示不会支持过早结束该项目。但在美空军2010 财年预算申请显示，2009 财年是为该项目提供资金的最后一年。“民兵”3 导弹的第一和第二级发动机更换了推进剂，替换了美环护署禁止使用的材料。
