很久很久以前：某个村庄来了一个头上长角、力大无穷的男人（大岳丸），被村民们称为“稀人”，但时间长了，村民们便开始畏惧并排斥他，因此这个男人开始屠杀村民，成为了“鬼”。为了打败他，村子里的一个青年（便收集了大量金黄色的石头（灵石），铸成了楚叶失之刃，将其斩杀，之后，以除妖为目的的楚叶失众诞生了，楚叶失众的头领被称为“无明”，代代相传。
但是传到了斋藤道三当无明的这一代，他与一位女妖深芳野相爱，为了构筑人和妖能够和谐相处的世界，道三放弃了“无明”的头衔，并毁坏了楚叶失之刃。道三与深芳野生下了两个孩子，一个是义龙，另一个就是二代主角阿秀。但是由于种种原因，深芳野最后带着年幼的阿秀离开了道三的身边，之后便被大岳丸的意念化身果心居士所杀害，深芳野临终前把楚叶失之刃的碎片托付给主角，让其好好活下去。
1555年，长大成人并以讨鬼为生的主角收到了一封信，让其去一个叫名为十三樱村的村庄的最大的樱花树下碰头，在那里阿秀杀掉了让十三樱村成为樱祸村的马头鬼，并结识了寄信人藤吉郎，组成二人组。并一起前往美浓投靠已经是美浓大名的道三，二人组（其实是阿秀一个人）替道三完成了几个委托之后受到重用，同时在打败烟烟罗之后结识了楚叶失众的现任首领无明。
1556年，道三的另一个儿子义龙叛变，率兵攻进道三的居城蝮蛇神域，阿秀在营救道三的过程中击败夜刀神，在遇到道三后，道三通过阿秀手中的刀知道了他也是自己的儿子，为此自己留下来拖住妖怪，让阿秀前往尾张投靠信长，自己战死。
1560年，在二人组投靠信长后，阿秀在桶狭间之战杀死东海道第一弓取今川义元，开始得到信长赏识，这段时间里，信长的妹妹阿市嫁到了浅井家。
1566年，为攻打斋藤义龙的美浓，信长派遣二人组前往墨俣筑城，阿秀在那里得到了半妖蜂须贺小六及其川并众的帮助，降服了镰鼬，成功筑城。之后阿秀进入虚幻魔城，打败了斋藤义龙，发现他是被杀死自己母亲的神秘锡杖男附体，最后死状凄惨。（其实历史上斋藤义龙1561年就挂掉了，游戏里也是为了剧情的连贯性吧。）在平定美浓后，藤吉郎希望信长赐名吉秀，但信长却赐给了二人组“秀吉”之名。（大概暗示二人组里阿秀才是出力的那个，石锤工具人）
1570年2月，信长与宿敌朝仓争战，正当朝仓家节节败退之时，朝仓的盟友、信长的妹夫浅井长政背刺织田，信长被困在金琦，于是让秀吉和光秀殿后，在殿后撤退过程中，阿秀找到了楚叶失村的遗址，并击败了崇枭。
8月，姊川合战爆发，面对朝仓浅井联军的猛攻，阿秀突入敌阵，杀死利用灵石妖魔化的真柄直隆，解救了本多忠胜，并在之后又救出为了掩护家康深入敌阵的服部半藏（前代），姊川一战，浅井、朝仓两家大败，元气大伤，再也无力与织田家对抗。
1573年，织田军攻入小谷城，阿秀在天守阁打败妖魔化的浅井长政，发现长政也被果心居士附体，救出了阿市，之后阿市嫁给了柴田胜家。
1578年，40岁的藤吉郎由于还没有子嗣，内心开始发生一些变化。
同年，在进攻石山本愿寺的战斗中，阿秀击败了杂贺众的首领杂贺孙一（前代），并消灭了牛鬼，与此同时，明智光秀的家臣斋藤利三已经被果心居士附体，开始与藤吉郎密谋搞一些大事情。
1582年，本能寺之变，信长身死，浓姬也随着信长而去，但其怨念一直留在本能寺。信长的御前侍卫弥助带着信长的遗体离去，阿秀在本能寺最深处击败了火车。
本能寺之变后，藤吉郎中国大返还，在天王山，阿秀打败了斋藤利三变成的两面宿傩，利三恢复神智后却马上被赶到的藤吉郎所杀，阿秀发现藤吉郎的异样，溜了溜了。
在找到光秀后，阿秀与无明了解了一切都是藤吉郎与果心居士的阴谋，因此三人前去投靠家康。
1583年，阿秀与半藏再次相遇，并得知柴田胜家遭到藤吉郎攻打，因此阿秀前往北之庄城，阻止了魔化的猪头人，却没能保住胜家与阿市的性命。
1584年，藤吉郎与家康之间的小牧长久手之战开始，在半藏和本多的帮助下，阿秀杀死了藤吉郎，但回头藤吉郎就被果心居士一个英雄不朽拉了起来。战场上出现了逢魔之刻，小六、镰鼬等和魂暴走，阿秀在击败小六、干掉大太法师后，被随后赶来的魔化藤吉郎杀死，来到了中阴之间，遇到了在之前去世的半兵卫和自己的母亲深芳野，并得知杀死锡杖男（大岳丸）需要将楚叶失丸复活。
1590年，阿秀与无明前往封魔灵堂寻找将楚叶失丸复活的线索，在平等院里，魔化藤吉郎出现并揭开封印（那两个封印人应该是源赖光和安倍晴明），玉藻前逃跑，之后附身到了长政和阿市的女儿茶茶身上（这在黄金之城任务里一个侍女的精华记忆里好像有提到茶茶大人最近性格大变之类的），酒吞童子被阿秀击杀，无名将自己脖子上挂着的楚叶失刀锷交给了阿秀。
1597年，英格兰的威廉·亚当斯在被炼金术师凯瑞夺走守护灵瑟夏后，从伦敦塔掉入海中。
1598年，阿秀与无明来到了大坂城聚乐第，看到了千利休的最期，阿秀在聚乐第最顶层干掉了长壁姬。之后在大醍醐寺的樱花树下击败了魔化藤吉郎和附体的果心居士，藤吉郎清醒并死去，杀死果心居士后，在中阴之间的深芳野前往彼岸与道三重逢。阿秀在平等院封印了大岳丸，陷入沉睡。
1600年4月，威廉跟随着利芙德号寻找凯瑞的威廉在海上遇到了暴风雨，在黑岛登陆，在击杀了怨灵鬼后，威廉遇到了第二代服部半藏正成。之后，威廉跟随半藏结识了黑田官兵卫并击杀飞缘魔，救出了被飞缘魔抓走的黑田长政，并结识女忍阿胜。又打败夜枭和凯瑞假扮的立花宗茂，营救了真正的立花宗茂，并与其结识。
5月，威廉前往近幾，在海上遭到海坊主袭击，船只损坏，因此只能停靠在中国地方，并遇到了岛左近，之后威廉帮助吉川家消灭大百足，帮助小早川消灭海坊主，得到了两家的支持。
在修好船只到达近畿后，威廉跟随半藏谒见德川家康（影武者），为了测试威廉，井伊直政让威廉去消灭了信贵山城的女郎蜘蛛。之后威廉又在本能寺打倒了浓姬的亡灵——雪女并遇到了已经是南光坊天海的明智光秀，天海告诉威廉凯瑞在比叡山。
威廉在比叡山与凯瑞对峙，凯瑞告诉威廉他要去杀死家康之后破坏了京都的结界，让受到封印的荒魂涌出，猫又为了保护威廉吸收荒魂变成白虎，在被威廉打败后消失。
为了快速回到骏河，威廉和半藏决定横越伊贺，在伊贺威廉击败了大蛤蟆（二代里的前任半藏），之后威廉又在二俣打倒了鬼女，知道了阿胜的真实身份是家康的女儿。
最后威廉终于见到了真的家康，但凯瑞的妖术封锁了江户城并控制了本多和阿胜，威廉击败他们使其摆脱了控制，在这时，石田三成为了他心中的大义开始了行动。
1600年7月，三成包围伏见，威廉赶往伏见城救鸟居元忠，在击败了杂贺孙一后，元忠战死。
9月，关原开战，威廉在战场上相继击败了大谷吉继和岛左近，三成逃跑，凯瑞用妖术召唤出了巨大骷髅，关原迎来封魔之刻。
在解决逢魔之刻后，威廉前往伊吹山，击败魔化的三成，得知凯瑞试图复活信长，因此追着凯瑞来到了佐和山城，在佐和山城的最深处与漆黑武士弥助进行了战斗。
安土城，魔王耀变，但信长并没有杀威廉，威廉打倒了凯瑞和他召唤出的八岐大蛇并夺回瑟夏，与半藏道别，回到英国。
1603年，回到英国的威廉打败约翰·迪伊，从迪伊的水晶球中但得知未来的日本和半藏将有危险，因此启程再次前往日本。
1613年，腹部半藏在东北的青叶城陷入危机，威廉回到日本，打倒伊达成实，并在青叶城打败了意图用灵石与家康争夺天下的伊达政宗，得知来自西班牙的玛利亚是幕后黑手，因此威廉追击玛利亚，玛利亚却逃跑了。
1614年，大坂冬之阵爆发，来到大坂的玛利亚试图策动幸村使用灵石却遭到幸村拒绝，因此将目标转向了淀君茶茶。
1615年，大阪夏之阵,威廉再次打倒幸村后，茶茶开始使用灵石进行最后的抵抗。威廉前往天守阁，打败了茶茶用灵石制造的丰臣秀赖，并与幸村一起击杀了玉藻前，幸村陪着茶茶走向生命尽头，威廉离开大阪城，之后威廉与半藏一起从台面上消失，元和偃武。
1616年，威廉揭开阿秀的封印，果心居士逃跑。而不甘心失败的玛利亚决定复活藤吉郎使日本再次陷入战争，阿秀与威廉、无明一起再次来到封魔灵堂，当果心居士想要再次附身藤吉郎时，阿秀以身相抵，在意识中与大岳丸对抗，最后在藤吉郎的帮助下彻底打败了大岳丸。玛利亚被威廉抓获，之后被遣送回西班牙；藤吉郎心无负担地前往彼岸；威廉回到儿子身边；而阿秀与无明踏上了永无止境的旅程。