建树前期序列准备的常识：
以真菌ITS序列为例, 众所周知完整的ITS序列由ITS1+5.8S+ITS2三个区段构成。
在建树的过程中我们会从基因库中下载一部分目标序列，可大家或许不知下载的ITS序列往往包含了一部分ITS两端的外围序列，如果我们不通过序列比对，也就是通常所说的alignment进行两端剪齐的话，那么我们构建出的基因树虽然结果上与标准构建结果相似但终究往往不是那么科学严谨。
因为从基因库中下载的基因序列会有长短不一的现象，如果直接用来建树的话会有些不妥。
所以建议大家还是使用MEGA或其他软件进行序列比对，然后将文件两端切齐，再保存成fasta格式的文件，就可以载入到 raxmlGUI2.0或贝叶斯进行建树啦，保存成nexus格式可以用PAUP建树，保存成mega格式可以用MEGA软件建树。