1、导致不育
生殖器疱疹危害巨大，生殖器疱疹引起其他泌尿系统疾病，可能是导致男性不孕症的重要因素。
2、影响下一代
孕妇如果收到生殖器疱疹病毒感染，会通过各种途径传给新生儿，新生儿体内如果带有生殖器疱疹病毒，可能严重者会危及生命。
3、心理障碍
生殖器疱疹患者可能会因为自己患有疾病而出现心理障碍害怕致癌、害怕传染给性伴侣、回避与性伴侣的性生活，久而久之就会导致性功能障碍，影响家庭和睦，夫妻感情。
4、易患性病
在性病流行地区，生殖器疱疹还为艾滋病病毒进入人体提供通道和便利条件，从而增加了患艾滋病的危险性。