按时间线整理排列：
Vol.16
File.6（总File.156） 邂逅
File.7（总File.157） 消失
File.8（总File.158） 迹象
File.9（总File.159） 对决---------------TV 76 柯南vs怪盗基德
Vol.20
File.2（总File.192） 快逃啊！
File.3（总File.193） 雪地之中
File.4（总File.194） 可疑的举动
File.5（总File.195） 探索
File.6（总File.196） 揭示真相 -------- TV 132~134 魔术爱好者杀人事件
M3 世纪末の魔术师 1999.4.17
OVA 01 柯南vs基德vs铁剑！宝刀争夺大决战！！2000
Vol.30
File.4（总File.299） 聚集
File.5（总File.300） 惨剧
File.6（总File.301） 秘密谋杀
File.7（总File.302） 骗局---------------TV 219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德（注：对应本集的后半部分）
Vol.44
File.7（总File.453） 奇迹
File.8（总File.454） 惊愕
File.9（总File.455） 战栗
File.10（总File.456）逃脱--------------TV 356 怪盗基德的惊异空中步行
M8 银翼の奇术师 2004.4.17
M8特别篇银翼的时间之旅
OVA 04 柯南、基德与水晶之母 2004
Vol.46
File.7（总File.475） 封印
File.8（总File.476） 机关
File.9（总File.477） 神器
File.10（总File.478）不灭--------------TV 394~396 奇异屋宇的大冒险
Vol.53
File.1（总File.544） 红莲
File.2（总File.545） 金色
File.3（总File.546） 青岚
File.4（总File.547） 纯白---------------TV 469~470 怪盗基德与四幅名画
Vol.55
File.2（总File.566） 热血侦探 -------- TV 479 和服部平次在一起的三天（出现过远影）
M10 探侦たちの镇魂歌 2006.4.15
OVA 06 追踪消失的钻石！柯南·平次VS基德！2006
柯南十周年人物赏
File.6（总File.570） 月下
File.7（总File.571） 黎明
File.8（总File.572） 白昼
File.9（总File.573） 落日---------------TV 472~473 工藤新一少年时的冒险（主要出现的是第一代基德——黑羽盗一）
Vol.61
File.1（总File.631） 紫红指甲
File.2（总File.632） 瞬间移动
File.3（总File.633） 三忌
File.4（总File.634） Zero---------------TV 515 怪盗基德的瞬间移动魔术
Vol.64
File.11（总File.674）铁狸
Vol.65
File.1（总File.675） 潜伏
File.2（总File.676） 解锁---------------TV 537~538 怪盗基德 vs 最强金库
Vol.66
File.5（总File.690） 妖怪仓库 -------- TV 571 妖怪仓库中的夺宝战斗（前篇）（江户川柯南在解释警视厅搜查各课的工作时出现过远影）
Vol.68
File.5（总File.712） 青龙
File.6（总File.713） 朱雀
File.7（总File.714） 白虎
File.8（总File.715） 玄武---------------TV 585~587 永恒的樱花之恋（后半部分）·消失在黑暗中的麒麟之角·基德 vs 四神侦探团
Vol.70
File.2（总File.731） 龙马
File.3（总File.732） 突破
File.4（总File.733） 洗涮---------------TV 627~628 柯南基德的龙马宝物攻防战
M14 天空の难破船 2010.4.17
OVA 10 怪盗基德孤岛决战
Vol.78
File.1（总File.818） 神秘列车（启程）
File.2（总File.819） 神秘列车（隧道）
File.3（总File.820） 神秘列车（一等）
File.4（总File.821） 神秘列车（交叉）
File.5（总File.822） 神秘列车（拦截）
File.6（总File.823） 神秘列车（冒烟）
File.7（总File.824） 神秘列车（终点）---TV 701~704 漆黑的特快列车
File.8（总File.825） 特别教练--------------TV 705 密室中的柯南（园子提及）
广播剧CD：来自少年侦探团的挑战书！2012.7.18
File.11（总File.828） 泡沫
Vol.79
File.1（总File.829） 拟态
File.2（总File.830） 脱皮---------------TV 724~725 怪盗基德与赤面人鱼
Vol.82
File.1（总File.862） 铁壁
File.2（总File.863） 暗转
File.3（总File.864） 雌雄---------------TV 746~747 怪盗基德VS京极真
名侦探柯南公益宣传片——杜绝电影枪版资源
M19 业火の向日葵 2015.4.18
Vol.91
File.4（总File.963） 木神
File.5（总File.964） 接近
File.6（总File.965） 日记---------------TV 887~888 怪盗基德的机关箱
尚未收入单行本
File.1018 冰中◆
File.1019 偷换◆
File.1020 戏弄◆
File.1021 遗物◆
Vol.16
File.6（总File.156） 邂逅
File.7（总File.157） 消失
File.8（总File.158） 迹象
File.9（总File.159） 对决---------------TV 76 柯南vs怪盗基德
Vol.20
File.2（总File.192） 快逃啊！
File.3（总File.193） 雪地之中
File.4（总File.194） 可疑的举动
File.5（总File.195） 探索
File.6（总File.196） 揭示真相 -------- TV 132~134 魔术爱好者杀人事件
M3 世纪末の魔术师 1999.4.17
OVA 01 柯南vs基德vs铁剑！宝刀争夺大决战！！2000
Vol.30
File.4（总File.299） 聚集
File.5（总File.300） 惨剧
File.6（总File.301） 秘密谋杀
File.7（总File.302） 骗局---------------TV 219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德（注：对应本集的后半部分）
Vol.44
File.7（总File.453） 奇迹
File.8（总File.454） 惊愕
File.9（总File.455） 战栗
File.10（总File.456）逃脱--------------TV 356 怪盗基德的惊异空中步行
M8 银翼の奇术师 2004.4.17
M8特别篇银翼的时间之旅
OVA 04 柯南、基德与水晶之母 2004
Vol.46
File.7（总File.475） 封印
File.8（总File.476） 机关
File.9（总File.477） 神器
File.10（总File.478）不灭--------------TV 394~396 奇异屋宇的大冒险
Vol.53
File.1（总File.544） 红莲
File.2（总File.545） 金色
File.3（总File.546） 青岚
File.4（总File.547） 纯白---------------TV 469~470 怪盗基德与四幅名画
Vol.55
File.2（总File.566） 热血侦探 -------- TV 479 和服部平次在一起的三天（出现过远影）
M10 探侦たちの镇魂歌 2006.4.15
OVA 06 追踪消失的钻石！柯南·平次VS基德！2006
柯南十周年人物赏
File.6（总File.570） 月下
File.7（总File.571） 黎明
File.8（总File.572） 白昼
File.9（总File.573） 落日---------------TV 472~473 工藤新一少年时的冒险（主要出现的是第一代基德——黑羽盗一）
Vol.61
File.1（总File.631） 紫红指甲
File.2（总File.632） 瞬间移动
File.3（总File.633） 三忌
File.4（总File.634） Zero---------------TV 515 怪盗基德的瞬间移动魔术
Vol.64
File.11（总File.674）铁狸
Vol.65
File.1（总File.675） 潜伏
File.2（总File.676） 解锁---------------TV 537~538 怪盗基德 vs 最强金库
Vol.66
File.5（总File.690） 妖怪仓库 -------- TV 571 妖怪仓库中的夺宝战斗（前篇）（江户川柯南在解释警视厅搜查各课的工作时出现过远影）
Vol.68
File.5（总File.712） 青龙
File.6（总File.713） 朱雀
File.7（总File.714） 白虎
File.8（总File.715） 玄武---------------TV 585~587 永恒的樱花之恋（后半部分）·消失在黑暗中的麒麟之角·基德 vs 四神侦探团
Vol.70
File.2（总File.731） 龙马
File.3（总File.732） 突破
File.4（总File.733） 洗涮---------------TV 627~628 柯南基德的龙马宝物攻防战
M14 天空の难破船 2010.4.17
OVA 10 怪盗基德孤岛决战
Vol.78
File.1（总File.818） 神秘列车（启程）
File.2（总File.819） 神秘列车（隧道）
File.3（总File.820） 神秘列车（一等）
File.4（总File.821） 神秘列车（交叉）
File.5（总File.822） 神秘列车（拦截）
File.6（总File.823） 神秘列车（冒烟）
File.7（总File.824） 神秘列车（终点）---TV 701~704 漆黑的特快列车
File.8（总File.825） 特别教练--------------TV 705 密室中的柯南（园子提及）
广播剧CD：来自少年侦探团的挑战书！2012.7.18
File.11（总File.828） 泡沫
Vol.79
File.1（总File.829） 拟态
File.2（总File.830） 脱皮---------------TV 724~725 怪盗基德与赤面人鱼
Vol.82
File.1（总File.862） 铁壁
File.2（总File.863） 暗转
File.3（总File.864） 雌雄---------------TV 746~747 怪盗基德VS京极真
名侦探柯南公益宣传片——杜绝电影枪版资源
M19 业火の向日葵 2015.4.18
Vol.91
File.4（总File.963） 木神
File.5（总File.964） 接近
File.6（总File.965） 日记---------------TV 887~888 怪盗基德的机关箱
尚未收入单行本
File.1018 冰中◆
File.1019 偷换◆
File.1020 戏弄◆
File.1021 遗物◆
