不仅是三峡库区鱼类生态平衡遭受破坏，放眼整个长江流域，水生生物多样性也正面临严峻挑战。曾几何时，长江淡水生态系统在我国乃至世界都具有十分重要的地位和作用，水生生物多样性具有巨大的经济、社会、生态和科学价值，长江经济水产品一直是我国淡水渔业的支柱，渔业产量占全国的60%以上。但是，随着长江经济带的迅猛发展，不可避免导致了长江水生生物资源衰退、物种濒危或消亡。
     据不完全统计，长江中有鱼类17目52科178属370种，其中，特有鱼类42种，重要经济鱼类36种。其他动物有白鳍豚、扬子鳄和大鲵等。在长江珍稀水生动物中，除鲥鱼近年来未捕获外，被列为国家一级或二级野生保护动物的中华鲟、白鲟、达氏鲟、白鳍豚、扬子鳄、江豚、胭脂鱼、淞江鲈等均能生存繁衍，但种群数量呈逐年下降的趋势。
     受水域污染、过度捕捞和水利工程建设等因素的影响，长江濒危物种增多，有20多种鱼类被列入中国濒危动物红皮书；主要经济鱼类趋于低龄化和小型化；鱼类种群数量减少，一些重要经济鱼类已经不能形成实际产量。