1、来源不同：顾名思义，藻油软胶囊的主要成分是藻油，其来源是海藻，这些海藻或是人工养殖或是来源于深海。提炼来自海藻的DHA比较环保，不会破坏地球的海洋资源。而鱼油主要来源于深海鱼类，鱼类以DHA含量丰富的海藻为食物，体内就富集了DHA，一般鱼油的提取主要来源于金枪鱼。
2、成分不同：鱼油的成分比较复杂，不仅含有DHA，还含有EPA。有些鱼油为了增强效果还会加入其它营养，例如汤臣倍健鱼油牛磺酸软胶囊就加入了牛磺酸和锌。藻油的成分相对单一，主要是DHA。
3、适用人群不同：鱼油的特殊成分让它根据各产品的配方、工艺不同，呈现的出不同的效果，有些鱼油适合中老年人降低血脂和胆固醇食用，有些例如汤臣倍健鱼油牛磺酸软胶囊适合儿童，如果要挑选适合儿童的鱼油产品，要选择EPA含量相对较少的。藻油里面的DHA安全稳定，基本上没有EPA，更加适合孕妇、婴幼儿和学生。在藻油产品里面，汤臣倍健藻油软胶囊无论是口碑还是销量都非常不错。