男性患者的并发症有附睾炎、前列腺炎、精囊炎等；妇性患者的并发证有子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔炎、腹膜炎等。尿道内感染可直接蔓延到膀胱或前列腺而引起膀胱炎或前列腺炎。急性尿道炎若处理不当可并发尿道旁脓肿，脓肿可穿破阴茎皮肤成为尿道瘘。在尿道炎症愈合过程中纤维化则可引起尿道狭窄。