1 系统集成化程度低下
　　我国电气自动化和许多发达国家相比起步较晚，发展时间有限，所以在集成控方面的研究和开发较落后，集成化程度较低。现阶段，我国电气自动化系统仅实现了部分自动化，而系统内部的单独子系统，在功能方面尚不能形成统一体，并且在实际应用中还存在着一定的不足。除了上述原因外，导致系统集成化程度较低的原因还有系统架构尚未实现标准化统一。在我国不同的电力企业当中，因为不具备标准的系统架构，开发商所研发的硬件和软件设施也有所不同，所采用的编程语言也具有一定的差异性，所以电气自动化系统兼容性低，不利于不同企业电气自动化设备的交流和协作。
　　2 节能效率较差
　　因为我国电气自动化水平有限，再加上系统集成程度较低等一系列原因，所以电气自动化系统在实际应用过程中容易产生功耗较高，效率低下的问题。因为缺乏适用对象来开展科学有效的电气工程设计，所以编程设计工作的实施受到了严重的阻碍，最终导致电气自动化水平低下。另外，我国电厂中普遍不具备完善的设备管理系统，很难对生产设备实施有效的管理，导致资源出现大量浪费，不利于企业的可持续发展。
　　3 设备安全管控不高
　　因为没有有针对性的国家标准和统一的行业规范，各自动化商家在产品开发方面基于最低要求设计，加上自行的功能优化生产产品，使产品千差万别。部分用户只注重前期的投资，忽略后期的经济效益，给设备的安全运行带来很大的隐患。另外，部分电气设备的更新换代，对自动化性能的要求越来越高，部分自动化产品性能未及时更新换代，设备匹配不好，给电气设备带来很多事故，造成不必要的浪费。
　　4 质量监管不到位
　　电气自动化的管理，评价指标主要包括两种，质检和最后的总结报告。在电气自动化的具体应用过程中，由于工作人员没有对运行质量进行有效的监管，使得电气自动化的运行受到不良影响，发电工作也会遭受到一定的阻碍，电厂的运行质量和生产效率也会不断降低，最终导致电厂受到严重的经济损失。