武夷山纪念币已经出现了多个不同版本，分别是五鸟版、三鸟版和无鸟版。
五鸟版（图一）指武夷山玉女峰右边有5只飞鸟，目前发现数量较少；
三鸟版（图二中间的两枚）是指武夷山玉女峰右边有3只飞鸟，属于普通版本，兑换出来的武夷山纪念币基本都是三鸟版；
无鸟版（图二下面的两枚）是指武夷山纪念币玉女峰左边没有飞鸟，目前发现的数量也很少。