就按照封神体系以及佛本是道和西游三部作品为主来讨论吧

第一：先来比较一下这两个神仙的修为。先说如来佛祖吧！按照《西游记》中介绍，如来佛祖应该是太上老君倒骑牛过函谷关，到天竺教化胡人，这才在太上老君的帮助下，如来佛祖在菩提树下顿悟成佛。虽然如来佛祖是灵山佛界的首领，但是他的修为认真算起来的话，应该也就几千年。
而玉皇大帝呢？在《西游记》中，孙悟空大闹天宫的时候，想要夺玉帝的宝座，就连如来佛祖也说过，玉帝历劫一千七百五十次，每一次劫难就有十二万九千六百年，这一粗略算起来，玉帝的修为多达两亿多年，这可是如来佛祖拍马也赶不上的。
《西游记》如来佛祖和玉皇大帝谁更厉害？
第二：咱们再来比较一下两位神仙的地位。在天界，玉皇大帝的全称是高天上圣大慈仁者玉皇大天尊玄穹高上帝，这一连串的称呼可能十分啰嗦，但正是代表着玉皇大帝在三界无可匹敌的地位。而如来佛祖的全称是南无释迦牟尼佛，按照在佛界的排名只排在第三位，在他的前面还有南无燃灯上古佛、南无药师琉璃光王佛，可见如来佛祖虽然掌管着佛界，但是在佛界中的地位却并不是最高的。如此，如来佛祖再与玉皇大帝一比较，可能地位上也就要差一些了。
《西游记》如来佛祖和玉皇大帝谁更厉害？
第三：咱们则要比较一下这二位神仙的权力。还是先说如来佛祖，如来佛祖虽然法力很高，高得连孙悟空都蹦不出他的手掌心，但是如来佛祖的权力仅限于佛界灵山，或者再大一点儿说，仅限于南赡部洲，或者说佛教传播到达的地方。可是在《西游记》中，玉皇大帝的权力可就大得无边了。我们都知道，孙悟空在东海强索了金箍棒，龙王告到了天庭，可见玉皇大帝的权力管到了四海；孙悟空改了生死簿，阎王到天庭告状，玉皇大帝的权力管到了地府；泾河龙王克扣长安降雨点数，被玉皇大帝下旨斩杀，玉皇大帝的权力管到了人间；……如此一说，三界的主宰就是玉皇大帝，可见玉皇大帝的权力要比如来佛祖大得多了。
《西游记》如来佛祖和玉皇大帝谁更厉害？
第四：咱们比较一下玉帝和如来佛祖在书中的出场。在《西游记》中，玉帝第一次出场，是因为孙悟空从石头蹦出来，运神光，冲斗府，拜四方天地，然后惊动了他。而如来佛祖出场呢？他是孙悟空大闹天宫，玉帝派游奕灵官和翊圣真君往佛山请来的，或者说是宣调而来的。也就是说，如来佛祖虽然能够降服孙猴子，但是还是要听玉皇大帝的。如果没有玉皇大帝的旨意，很多事情如来佛祖还是不能擅自行事的。所以，从在小说中出场来看，还是玉皇大帝厉害一些。

那我就从洪荒流开山鼻祖梦入神机的作品《佛本是道》来说吧。(个人比较推荐这本作品，要是最近书荒又对洪荒流作品感兴趣可以去看看，这本小说把目前流传于外的各种神话故事)百度介绍:此作品融《封神演义》、《西游记》、《山海经》、《白蛇传》、《蜀山传》为一体，融合西方血族传说，再造一部当代玄幻体的“封神演义”!此中内容对后来的洪荒网文界有很大影响

强龙不压地头蛇～我压玉帝

如来佛祖，本为截教四大弟子之首的多宝道人。盘古开天之后，多宝道人在分宝岩上分得千余件先天灵宝（只是品质一般），所以称为多宝道人，后拜在通天教主门下，精修玉清仙光，为截教首徒。封神一战中，通天教主摆诛仙阵于界牌关，座下大弟子多宝道人取诛仙阵图、诛仙四剑，代师布阵，后太上老君与通天教主在其中争斗，把多宝道人用风火蒲团卷走，遂拜入玄都门下。封神一战后，太上老君逗留人间，点化世人，于春秋之时带多宝道人西出函谷关，化胡为佛。多宝道人化为释迦牟尼多宝如来佛降生中央娑婆世界，尊西天极乐阿弥陀佛为师，演小乘佛教，于人间界传播教义。

可以从特点上得出，玉皇大帝优势是修炼了1756元会(元会是一个词语1元会=12万9千6百年，意思是上古神话的记时单位（量劫）) 如来佛祖则是分的众多先天法宝，又精通玉清秘术和西方佛法。
其修为为斩去二尸。
与之相比 玉帝一直处于被三清架空状态的三界之主，如来则是实至名归的佛门第三把手。

在小说中也可以看到，为金仙的玉霄拿着先天法宝 混元金斗布下九曲黄河阵便削去同为金仙的十二金仙顶上三花，则代表着法宝的重要性，好的法宝便是一大实力 而玉帝没啥好法宝，法宝数也不多，最多拿个封神榜砸人，再借个王母的九龙簪。 可能也比不过如来可以借来的九品莲台和七宝妙树

而且在西游中也可以看出法宝的重要性，比如太上老君的腰带，手镯，炉灰耙子，装药葫芦，家里的花瓶，随便一个都把孙悟空弄的死去活来

封神中的二十四定海神珠，在赵公明这个算是截教实力中高层手里，直接打落十二金仙中赤精子、广成子、玉鼎真人、道行天尊、灵宝大法师

玉帝：快去西天，请如来佛祖！
孙悟空：？？

玉帝

玉皇大帝是下旨叫的如来佛祖，你说谁NB

刘松涛这玩意百度复制粘贴滥竽充数
一本雪中都分不出战力高低 遑论西游记 别拦我 我就要拆他的台

我还以为进了西游记吧
不同版本定位不同，一般会拿玉皇大帝跟如来佛祖比的也就是因为西游记了。
从书里看的话，猴子大闹天宫旁白和游奕灵官翊圣真君的话里可以看出玉帝是让人去请如来，如来的自己说的则是宣。从中可以看出其实两人的地位是一样的，一个是东方老大，一个是一方老大，玉帝给如来面子用请，如来给玉帝面子用宣